三天后，帕夏再次召见了我。这次他心情很愉快。我还没作出决定，因为无法确定改变信仰是否能有助于我逃脱。帕夏问了问我的想法，并说会亲自安排我和当地的美丽女子成婚。趁着一时的勇气，我表示自己不会改变信仰。帕夏稍稍有些惊讶，说我是笨蛋——毕竟，我身边没有什么人，会让我耻于说出自己改变了信仰。接着，他介绍了一下伊斯兰教。说完之后，他又送我回了狱中。
第三次造访时，我并未被带到帕夏面前。一名管家询问我的决定。或许我会改变主意，但不会是因为一名管家问我！我说还没准备好放弃自己的信仰。这名管家抓住我的手臂，带我下楼交给了另外一个人。那是一个高大的男子，瘦得有如我经常梦见的人。他架起了我的胳膊，就像在温柔地帮助一位衰弱的病人。他把我带到了庭园一角，又有人来到了我们身边，这个人有着庞大的身躯，真实到不像会出现在梦中的人一样。两人在一处墙边停下，捆住了我的双手，其中一人还带着一把不太大的斧头。他们说，帕夏已下令，如果我不成为穆斯林，就要立即被斩首。我呆住了。
我想，或许没那么快。他们同情地看着我。我一言不发。过了一会儿，正当我对自己说，千万别再问我时，他们真的又问了。突然间，我的宗教似乎成了一种可以轻易为之献身的东西。我很看重自己，也像那两名一再强迫我改变信仰的男子那样怜悯起自己来了。试着思考别的事情时，眼前浮现出了我从我家面朝后花园的窗子所看到的景色：桌上一只镶嵌珍珠母贝的盘子中放着桃子与樱桃，桌子后方有一张垫着稻席的睡椅，上面放着与绿色窗框同样颜色的羽毛枕头。更远处，我看见有一只麻雀栖息在橄榄与樱桃林间的井边。一架秋千被用长索挂在胡桃树高枝底下，在似有似无的微风中轻轻摆荡。当他们再次询问我时，我说，我不会改变信仰。那里有一个树桩，他们要我跪下，把脑袋搁在上面。我闭上了眼睛，但接着又睁开了。其中一人举起了斧头。另一人说，或许我已后悔自己的决定。他们把我拉了起来，说我应该再想想。
他们一边让我重新考虑，一边在树桩旁边的地上挖坑。我心想，他们可能马上就要把我埋在这里；除了惧怕死亡，我还感受到被埋葬的恐惧。我告诉自己，等他们挖好墓穴朝我走来，我就会决定心意。但他们只挖了一个浅坑。那一刻，我觉得丧命于此是一件极其愚蠢的事。我觉得自己可以变成穆斯林，但我没有时间下决定。如果能回到监狱，回到终于开始习惯了的可爱的牢房，我可以彻夜不眠地思考，天亮前就可以作出改信伊斯兰教的决定，但不是现在这样，不是马上。
他们突然抓住我，推我跪下，把头放上树桩。我看见有人飞快地穿过了树林，吓了一跳——我，蓄着胡子，脚不着地地在那儿悄悄地走着。我想喊这个穿过林子的我自己的影子，但头被压放在树桩上，喊不出来。我心想，这与睡觉并无不同，于是放松自己，等待着。背上与颈后传来一阵寒战，我不想思考，但颈子上的凉意让我继续思索。接着，他们拉我起身，嘟嚷着帕夏一定会很生气。解开我的双手时，他们斥责我说，我是真主和穆罕默德的敌人。他们把我带回了官邸。
帕夏让我亲吻了他的衣服下摆后，对我进行了一番安慰。他说，因为我不为求生而放弃信仰，所以他开始喜欢我了。但没过多久却开始叫嚷咆哮，说我的顽固毫无道理，而且伊斯兰教是更优秀的宗教等等。他愈骂愈气，说原已决定要处罚我。接着他说，他对某人有承诺，我明白，是这个承诺让我免于原本可能遭受的灾难。从他所说的话中，我觉得他承诺的对象是个怪人，而最终我才明白那个人就是霍加。接着，帕夏突然说，他已经把我当成礼物送给了霍加。我茫然地看着他。帕夏解释道，我现在是霍加的奴隶。他给了霍加一份文件，现在霍加有权决定要不要给我自由，从此刻起，他可以任意处置我。帕夏离开房间走了。
他们告诉我，霍加也在官邸，在楼下等着我。于是我明白了，在庭园林间看到的人就是他。我们走着回到了他家。他说，从一开始他就知道我不会放弃信仰。他甚至已经在家中为我准备好了一个房间。他问我饿不饿。死亡的恐惧仍留驻在我身上，我吃不下任何东西，但是，我还是咽下了几口他放在我面前的面包及酸乳。在我嚼面包时，霍加开心地看着我。他看着我的愉快表情，犹如农夫喂着自己刚从市集买下的好马，一边想着未来它会为自己做的所有事情。我老想着这样的神情，一直到他忘记了我的存在，埋首自己宇宙志理论的细节，以及设计打算送给帕夏的时钟。
后来他说，我以后要教他一切，为此他才请求帕夏把我送给他，而且只有这样，他才会还我自由。几个月之后，我才了解到这所谓的“一切”是什么。这“一切”就是所有我在社会学校和宗教学校里学到的一切，也就是我的国家所教授的所有天文学、医学、工程学、科学！包括隔天他要仆人去我的牢房取回的书本中记载的一切，所有我曾经听闻与见识的事，所有我对于河流、桥梁、湖泊、洞穴、云、海的看法，地震及雷电成因……午夜时，他又补充说，星辰与行星才是他最感兴趣的东西。月光从敞开的窗户流泄进来，他说，我们起码必须找到关于月球与地球之间那个行星是否存在的确切证据。当我不禁以一个整天在死亡边缘打转的男子的疲惫眼神，再次注意到我们之间令人胆怯的相似时，霍加逐渐不再使用“教”这个字眼：我们将一起探索，一起发现，一起进步。
就这样，像两个有责任感的学生，即使没有大人在家透过龟裂的门聆听，仍能认真做功课，我们坐下来开始研习，宛如两个好兄弟。刚开始，我觉得自己像是愿意复习旧的功课以帮助懒惰小弟赶上进度的好心兄长，而霍加则表现得像个努力证明兄长其实并没比自己多懂多少的聪明男孩。对他而言，我们之间知识的差距，不过就是他从我牢房搬来并排放在一个书架上的书本数量，以及我所记得的书籍内容。凭着惊人的勤奋与聪慧的心智，六个月内他就对意大利语有了基本的领悟，后来更是继续精进。这段时间，他还读完了我所有的书，并且要我向他复述了我所记得的一切。此时，我再也不比他优秀了。可是，他表现得就像自己早就有比书本更自然、更深奥的知识。他自己也认为书里的知识大多不足取。六个月之后，我们不再是一起念书、一起进步的同伴。提出想法的人是他，我只会提醒某些细节来协助他，或是帮助他复习他已经知道的东西。
他常常在晚上发现这些我大多已经忘怀的“想法”，那时距离我们吃完随意凑合的晚餐已经很久，街区里所有的灯火已经熄灭，周遭一切事物都已沉浸在寂静之中。每天早上他会到两个街区外的清真寺附属小学教书，另外每星期有两天前往我不曾去过的遥远地区，造访一处清真寺计算礼拜时间的计时室。其余时间，我们不是为晚间的“想法”作准备，就是追寻这些想法。当时，我仍抱有希望，相信自己可以很快回国。此外，对于那些兴趣不大的“想法”，我认为与他争论细节只会延缓回家的时间，所以从未直接和霍加唱反调。
我们就这样度过第一年，埋首于天文学，努力为那个想像中的行星找出存在或不存在的证据。霍加花大价钱从佛兰芒进口镜片制作了望远镜。但当他用望远镜、观测仪与图表工作时，却忘了这个行星的问题，而涉入更深奥的难题。他说他要探讨一下巴特拉姆尤斯对于星球的排列问题，但我们并未对此进行讨论。他说着，而我只是听着。他说，相信行星悬挂在透明的天体上是很愚蠢的，也许有某种东西在那里支撑着它们，比如说一种无形的力量，或许是一种引力。接着，他提出地球可能像太阳一样，也是绕着某种东西转动，而所有星球或许都绕着我们对其存在一无所知的天际中心在转动。后来，他宣称自己的思想会比巴特拉姆尤斯更包罗万象。为了创造出更广泛的宇宙志理论，他研究了一堆新观察到的星星，提出了许多新的概念用以排列出新的天体体系：或许月球是绕着地球转动，地球绕着太阳转动，或许那个中心是金星。但他很快就厌倦了这些理论。后来，他说，现在的问题不在于提出这些新的理论，而是要让这里的人们了解星球及其运动。这件事他会从帕夏开始，但我们却得知萨德克帕夏已被流放到了艾尔祖鲁姆。人们都在说他卷进了一个失败的阴谋。
等待帕夏结束流亡返回的那几年里，我们进行了一项学术论文研究。霍加要撰写博斯普鲁斯海峡潮流的成因，为此我们花了数月观察潮汐，顶着刺骨的冷风，漫步在悬崖上眺望海峡。两人带着各种容器走下山谷，测量流入海峡的水流温度及流向。
我们曾在帕夏的要求下，前往离伊斯坦布尔不远的城镇盖布泽三个月，替他关照一些事。此时，盖布泽各清真寺不一致的礼拜时间引发了霍加的新想法：他要制造一个可以精准显示礼拜时间的时钟。就是在这个时候，我教给了他什么才是真正的桌子。当我把这张木匠根据我指示的尺寸制造出来的家具带回家时，一开始霍加并不高兴。他把它比喻成四只脚的棺材，说它不吉利，后来却开始习惯这些桌椅。他说这使他更好地思考与书写。我们必须回伊斯坦布尔，为铸成与落日弧度一致的椭圆形祈祷钟找寻装备。回程时，我们的桌子就放在驴背上，一路跟着我们回到了家。
在我们面对面坐在桌旁工作的前几个月，霍加试着找出计算北方寒冷的国度里礼拜与斋戒时间的方法。由于地球是个球体，因此这些地方日夜长短变动极大。另一个问题是，除了麦加之外，地球上是否有这样的地方，让人们无论转向哪里都可以面向克尔白。他愈是了解到我对这些问题的漠不关心，态度便愈加鄙视。但我当时认为，他了解我的“优秀和不同”，而且，或许他的急躁是因为相信我也清楚这一点：就像讨论科学一样，他也谈论智慧。帕夏回返之后，他要用他的计划，用他加以发展的宇宙志理论及新时钟去影响帕夏，其宇宙志理论会以模型的方式展现，这样就能更好地被理解。在这里，他内心燃烧的求知欲与热情将会感染所有人，并撒下引发新复兴的种子。我们两人都在等待着。