店，田村卡夫卡的出逃生活看起来十分平静。然而平静的日子仅维持了一周，在第八天晚上，他的生活突然崩毁了。
从不明原因的昏厥中清醒过来时，卡夫卡正躺在一座神社的灌木丛中，脸色发青，脖颈带泥，白色T恤上沾着已经凝固的血块。惊恐至极的他走投无路，迫于无奈拨通了从背囊中找出的樱花的电话号码。
樱花暂时将卡夫卡带到了自己的公寓。勉强安定下来的卡夫卡，不得不向樱花坦白自己离家出走的事实，但究竟是如何晕倒在神社里的，他无论如何也弄不明白。
身上沾的血也令卡夫卡万分不安，因为那并非他自己受伤流的血。他担心自己是否在不觉间卷入了什么暴力案件，杀害了什么人。
第二天一早，卡夫卡留下感谢的字条，离开了樱花家。找不到落脚点的他只能又去了甲村图书馆。和大岛谈论文学的时候，卡夫卡不得不对其坦白自己找不到住处的现状，大岛沉思片刻，说：「既然如此，那就住在这里吧，当我的助手。」
但是这样的决定必须获得馆长佐伯的同意，于是大岛开车送卡夫卡去了自己和哥哥的临时住所——一间位于高知森林中的小屋。住所本身相当不错，唯独周围的原始森林过于危险。大岛再三叮嘱卡夫卡，不要前往森林深处。
在林中小屋度过了三天读书冥想的闲适生活后，大岛来接卡夫卡回高松。「事情办妥了」。他说，「我们决定欢迎你，你将成为甲村纪念图书馆的一员。」
回程的路上，大岛向卡夫卡讲述了佐伯的身世。出身不凡的佐伯，与图书馆的所有者，甲村家的长子是一对青梅竹马。十八岁时，佐伯的恋人去了东京读书。十九岁的时候，佐伯为恋人写了一首歌，名字叫《海边的卡夫卡》。
然而不幸的是，佐伯青梅竹马的恋人，在60年代末的日本学生运动中，被罢课的学生们意外打死了。从那以后，佐伯便离家出走，消失了整整25年。
不料多年之后，失踪许久的佐伯又回到了高松，出于和甲村家的关系，担任了甲村纪念图书馆的馆长。
作为助手的卡夫卡住进了图书馆的一间小房间。很快，T恤染血的谜团得到解惑，卡夫卡的父亲，雕塑家田村浩一，被人发现遇刺身亡。田村卡夫卡也被发现早已离家出走。虽说拥有不在场证明的他不至于被怀疑犯罪，但作为重要证人，警察开始调查他的行踪。
随着田村浩一遇刺一同出现的，还有两桩无比奇怪的事：东京中野区的商业街与东名高速富士川服