又转升侍中，再代荀彧为尚书令。曹操南下荆州，奏清皇帝任命华歆为军师。曹操受九锡封为魏王，华欣任御史大夫，曹丕任魏王，拜华歆为相国，安乐乡侯。曹丕代汉称帝，因华歆主持受禅仪式时，没有喜庆之色，遂改相国为司徒。华歆历来很清廉，禄米及皇帝赏赐都振济了亲戚熟人，家中没有百斤，更没有十斗粮食的储存。朝廷每每将罚没为奴的青年女子赏赐给大臣，只有华歆不收留，而是将她们全部嫁人，曹丕为此叹息不已，并下诏书说：“华司徒是国家难得的长者，其作为暗合天地之道，深得民众之心呀。今天高官们都有丰盛佳肴，只有他是简单的蔬菜佐饭，而从不计较。”故此，特别拿自己衣服赏赐华歆，并为他的妻子及家中男女做衣服。
当时，三府共同向皇帝建议：“推举孝廉，原是以品德为标准，不需要以儒家经典为内容进行考试。”而华歆以为“自丧乱以来，六经就没有人再读了，当务之急是重新提倡儒家学说，推崇王道。制定官吏的选任标准，决定着国家的盛衰。今天举孝廉不进行六经考试，恐怕读书之风从此衰亡。假如有特别优秀或特别专长之人，可以作为特殊加以任用。所忧虑的是缺少这样的特殊人才，不用担心选不上来。”曹丕听从了他的意见。
曹丕登基下诏宫廷大臣，向他举荐独行特立的隐士，华歆推举了管宁，曹丕派车专门去迎接。魏明帝即位，封华歆为博平候，增采邑五百户，与之前的封赏累计为一千三百户，并改任太尉。华歆称病请求退休，愿将太尉一职让与管宁，魏明帝没有同意。在设筵大会朝臣时，派散骑常侍缪袭持诏书宣喻华歆：“朕新接手这些烦杂事务，一日万机，怕是非难辨并做出错误的决断。幸好有德操的大臣们在朕左右，而您却屡屡以病推辞。量主择君，不肯做官，抛弃荣禄，不就其位者，古人的确曾有过，但周公、伊尹则不然。洁身自好为国家死节，是其他人应该做的，但我不敢让您那样。您应该克服病痛的困扰参加朝会，施惠泽于朕。已让凳子空着，站在筵席前，命文武百官同我一样，必须等待您的到来，朕才能落座。”又给缪袭特别叮咛：“必须在华歆起身赴会时，你才能回来。”华歆不得已，只好赴会。
魏明帝太和年间，派遣曹真从子午道出兵伐蜀，皇帝也亲临许昌。华歆在病榻上听到消息后上书说：“自兵乱以来，已经二十多年了，我魏国承奉上天之命，陛下以至高之德，正逢成王、康王的处境，应该成就一代盛世，步尧、舜、禹三王足迹。虽然今天有二贼凭险割据，如果我们坚持民本思想，使与民休养生息的仁