土山，并于山上立土堡作为航海标识，以提醒过往海船避让。明成祖将土山赐名为宝山，还亲作碑文记述此事。
明成祖因会通河全面通航，决定停止海运，改走内河漕运，仍由陈瑄负责，陈瑄建造浅船二千余艘，起初运输两百万石，后逐渐增加到五百万石，使得国用得以富足。当时，江南漕运沿运河抵达淮安后，须转陆运翻过河坝，再经淮河抵达清河，其过程损耗巨大。陈瑄采纳故老的建议，自淮安城西侧的管家湖起，开凿二十里河渠，命名为清江浦，将湖水导入淮河，并修筑四座闸门，以适时泄洪。他还沿湖修筑十里长堤，以提高船只运输能力，使得漕船可以直达黄河，节省的费用不可计数。陈瑄督理漕运三十年，针对漕运事务实行很多整改措施，精密而有远见，可谓“举无遗策”。
明仁宗继位，陈瑄上疏仁宗，提出七条经国利民的建议：重国本：南京乃是国家根本，应严整守备力量；择贤良：推举人才应予核实，不能只论资格；挑选公正的朝臣分巡天下，考察政治得失；苏民力：湖广、江西、浙江等地距北京较远，百姓输运粮饷往返几近一年，有误农作。可让百姓运至距离较近的淮安、徐州等处，再由官军接运至北京。另外，快船、马船所载粮草不过五六十石，每船只用官军即已足够，无需召集百姓前来听候；兴学校：府州县学的教员多不称职，应予考核，不称职者予以黜落；挑选俊秀之才补为生员；准许军中子弟入学读书；整军伍：应核实军伍，年老患病者由子弟替代，逃亡者予以追捕，绝嗣的军户验明后加以除籍；谨边防：开平等地乃是边防要地，守兵虚弱，粮食不足，应挑选、训练精锐之士，加强守卫，同时屯田自给；专漕运：漕运官军年年运粮北上，返回后还要维修漕船，终年劳苦。应禁止所属卫所对他们加以繁多的徭役。
明仁宗采纳了陈瑄的建议，命有司迅速执行，不久又赐陈瑄铁券，并允许他的子孙世袭平江伯爵位。有朝臣对此不以为然，认为陈瑄只是老生常谈，仁宗驳斥道：“武臣能言及此，已是非常难得，况且现在都害怕出言获罪，更应对他加以奖掖。古人尚知千金买马骨，我这么做岂不是远超古人。”
明宣宗继位，仍任命陈瑄为总兵官，驻节淮安，陈瑄不但督理漕运，还兼管淮安的地方事务，抚辑军民，所领官军悉听节制。陈瑄奏请朝廷，打算征发十二万劳力，用半个月的时间疏浚济宁以北长沟到枣林之间的淤塞河道。明宣宗念及他长年辛劳，命尚书黄福前往一同经理。陈瑄再次上奏：“每年运粮动用十二万军人，连年劳苦。请在苏