改议，廷臣则抗议不依。此时，王振党羽、锦衣卫都指挥使马顺站出叱斥百官，户科给事中王竑突然带头在朝廷上猛击马顺，众臣纷纷跟随，马顺当即毙命，一时血溅朝堂，而士卒亦声汹欲诛。郕王朱祁钰看后大惧，欲起身离去，于谦挤到郕王身前，扶臂劝导道：“马顺等人罪该诛死，打死勿论”，众人听后方止，而此时于谦的袍袖已经裂开。在他退出左掖门时，吏部尚书王直握着于谦的手叹道：“国家正是倚仗您的时候，今天这样的情况，即使是一百个王直也处理不了啊！”在那时，朝廷上下都倚重于谦，而于谦亦毅然以社稷安危为己任，当初，大臣担忧国家没有君主，太子年幼，敌寇将至，请皇太后立郕王为皇帝。
郕王即帝位为代宗，于谦进去回答问话，情绪激昂地哭着说：“敌寇得意，要挟持扣留太上皇，这样形势下他们必然轻视中国，长驱南下，请命令各边境的守臣竭力防守遏制。京营士兵的器械快要用完了，需要马上分道招募民兵，令工部制造器械盔甲。派遣都督孙镗、卫颖、张辄、张仪、雷通分兵据守九门重要的地方，军队驻扎在外城的外面。都御史杨善。给事中王竑亦参与这些事，迁徙外城附近的居民进入城内。储存在通州的粮食，令官军自己去支领，用装足的米作为代价，不把粮食留给敌人。文臣像轩倪这样的人，应该用为巡抚。武臣像石亨、杨洪、柳博这样的，应该用为将帅。至于军队里面的事情，我自己承担，没有成效就判我的罪。”对他的意见，代宗全都认真地接纳了。
石亨和曹吉祥、徐有贞迎接上皇恢复了帝位，宣谕朝臣以后，立即把于谦和大学士王文逮捕入狱，诬陷于谦等和黄囗制造不轨言论，又和太监王诚、舒良、张永、王勤等策划迎接册立襄王。石亨等拿定这个说法，唆使科道官上奏，都御史萧维祯审判定罪，坐以谋反，判处死刑。王文忍受不了这种诬陷，急于争辩，于谦笑着说：“这是石亨他们的意思罢了，分辩有什么用处？”奏疏上呈后，英宗还有些犹豫，说：“于谦是有功劳的。”徐有贞进言说：“不杀于谦，复辟这件事就成了出师无名。”明英宗的主意便拿定了，于谦被押往崇文门外，就在这座他曾拼死保卫的城池前，得到了他最后的结局——斩决。
于谦被杀之后，按例应该抄家，可抄家的官员到于谦家时，才发现这是一项十分容易完成的工作，因为于谦家里什么也没有，除了生活必需品外根本就没有多余的钱财。遂溪的教谕吾豫说于谦的罪应该灭族，于谦所推荐的各文武大臣都应该处死，刑部坚持原判这才停止了。千户白琦又请求