几月就调他回京，任吏部左侍郎，当时石亨有一党羽，原为真定知府，因为贪赃被免职，石亨派亲信去嘱托姚夔为此人复职，并带去了已拟好的复职稿让姚夔批复。姚夔掷笔于案，大声说：“我宁肯不做侍郎，也必不批准此稿。”于是制止了此事，后来石亨被罢官，攀附石亨的人都被降黜，而姚夔声名远播。
姚夔迁任礼部尚书，主持贡试，试院失火，烧死贡士多人，姚夔引咎自责，说未能防范于未然，致殃及天下英才，伏地痛哭不止。江南大旱，南京兵部尚书李宾上奏朝廷，请求宪宗“命令浙江、江西、福建诸生缴纳米来救济灾荒，凡缴纳粮米者均可入国子监读书。”宪宗听从李宾的建议，准备下旨实行，姚夔坚持认为不可，他认为济荒应由国库支出钱粮，或发动富室赞助解决，不应靠变相卖学来实现，这不仅损害国子监声誉，而且增加诸生负担，此议终作罢论。
国家屡次发生天灾，出现异象，按照“天人感应”说，姚夔上疏请求宪宗做到十件事：均爱后宫嫔妃，以添子嗣；放弃在西山新建塔院；斥远阿谀奉承之徒；参加经筵；裁决政务；亲君子；远小人；节约吃穿用度；爱护国之栋梁；衣着、饮食、言语、行动都遵从祖制，以回天意。他还认为：“现在能够保持成化初年的政策，就已经足够了。”宪宗以优诏答复，姚夔所上请的十件事，皆被批准。
孝庄钱皇后去世，钱皇后没有为英宗留下子嗣，按照惯例，未能留下子嗣的皇后多被废黜，而英宗不愿效仿前人，因此去世前留下诏命，命钱皇后百年之后与他合葬。而英宗去世后，宪宗生母周妃指使太监夏时等提议：以钱皇后久病未育为由，尊周妃为太后。此议被阁臣商辂、彭时等阻止，但提出两宫并尊之议，得到同意。此时钱皇后去世，此议又起，周太后欲于百年后与英宗合墓，便授意宪宗为钱皇后另选葬地，一时间朝内哗然，但众臣皆“相视莫敢先发”。彭时等首先上疏，执意请二后并袱陵庙，宪宗深感母命难违，决疑不下。
姚夔执掌礼部，深感此事事关重大，便冒着违忤周太后旨意之险，就“陵庙事”一连向宪宗上了三道奏章，反复直言此事不合礼制，不合孝道。宪宗见了姚夔的三道奏章，仍决议不下，最后宪宗虽赞同众大臣提议，但由于数次请命太后未获批准，仍令在裕陵旁选择一块风水宝地安葬钱太后。姚夔见上奏章无效，就率五府、六部、都察院、通政司、大理寺、锦衣卫、六科十三道九十九名官员，跪伏于文华门哭谏。最终，宪宗来到清宁宫将群臣之意转达给太后，恳请她顺从人心，在此严峻形