其实并不知杨金英等人的谋杀，后来世宗才得知其冤。
孝烈方皇后病死，而不是野史中的被火烧死，记载皇后被火烧的是出自明末清初毛奇龄编的胜朝彤史拾遗记，明朝进士何乔远所写的《十三朝遗史》也记载说，方皇后所住的坤宁宫突然失火，而且火势很猛，世宗就住在坤宁宫左侧的万寿宫，看着汹汹的火焰，世宗明知道方皇后就住在其内，却不让人去救火，还说烧了旧宫，可以再造一座新宫，导致方皇后与数百宫女活活烧死。后人推测，这场大火很可能是世宗授意放的，以为“壬寅宫变”中被方皇后借机处死的宠妃曹端妃报仇。
嘉靖皇帝亲自制定追谥的礼节，并且等待礼仪完毕，还颁诏天下，等到出了丧期，礼部的大臣按照制度应该把孝烈皇后的神主，安放在奉先殿的东侧室，皇帝说，东侧室，不是正殿，孝烈皇后应该祔太庙。于是，大学士严嵩等请求把孝烈皇帝神主设位于太庙东，皇帝母亲献皇后的神位旁边，宪宗邵皇太后明世宗亲祖母右册，以从祔于祖姑之义。皇帝说祔礼是很正式隆重的事情，不可以随随便便，皇后不是皇帝，是陪从皇帝的，要有一定次序，哪里有随便祔礼在其他皇后旁边的道理，应该按照朕的次序祔礼，不能随便乱来。严嵩说，祔礼的顺序，不是臣下随随便便说的，所以还是按照先朝惯例比较妥当，还是祔礼在世宗母亲献皇后旁边。
世宗还是想把孝烈皇后祔礼在太庙，尚书徐阶说，这不可行，给事中杨思忠同意尚书徐阶的意见，其他人都不说话。后来大臣上疏说，孝烈皇后位居中宫，按照礼仪制度可以祔礼太庙，但是涉及到皇帝的数位皇后次序，这样我们臣子的意见，还是应该遵照先祖惯例，不应该破坏这样的规定，皇帝震怒。这时，徐阶、杨思忠惶恐进言，周代建立天子九庙，三昭三穆，本朝的祖庙，是一个宫堂，但是不同宫室，跟周礼不同，今天太庙九个位置都满了，如果按照当今皇帝的辈分，仁宗皇帝应该当祧，因为仁宗是陛下的五世祖，如果在太庙增加两个位置，那么仁宗神位可不必祧，孝烈皇后的神位也能安放。这样陛下也就没有为了安放孝烈皇后神主而祧仁宗皇帝神主的嫌疑了。皇帝说，当祧当祔，臣子可以根据礼仪规定提出请求，何必犹犹豫豫呢？于是首辅大臣徐阶说，今仁宗为皇上五世祖，以圣躬论，仁宗于礼当祧，孝烈皇后于礼当祔，请祧仁宗，祔孝烈皇后于太庙第九室。
后来，涉及到忌日祭祀的问题，皇帝依然坚持原来的建议，把方皇后按照元配皇后对待，大臣说孝烈皇后是后续皇后，不是元配，不能按照