也忌恨他。沈鲤遇事秉正不屈服。被沈一贯压抑，志向得不到全面实现。而此时沈一贯多次被非议，称病闭户，沈鲤才得以处理内阁事务。云南的武弁杀了税使杨荣，皇帝很恼怒，准备派遣官员将他们逮捕惩治。沈鲤详细陈述了杨荣的罪状，请求诛杀带头杀杨荣的人，而宽免其他的人，于是果然没有广泛拘捕。当时沈一贯虽然称病闭门在家，而奏章大多送到家中由他拟旨，沈鲤极力陈说这没有先例。
沈鲤已经与沈一贯积怨，沈一贯即将离职，顾虑沈鲤在职，给自己留下后顾之忧，想与他一起离开内阁，暗中活动使他离职。神宗也嫌沈鲤刚正，趁着沈鲤请求退休，于是指令他与沈一贯一起退休。朱赓上奏请求挽留沈鲤，没有答复，抵家后，沈鲤上书答谢，仍然极力陈述懈怠政务的弊端。沈鲤时年八十岁，神宗派官去探视慰问，赏给他银两，沈鲤上书答谢，又陈述当时政治的要务。
沈鲤在家乡商丘去世，享年八十五岁，赠封为太师，谥号文端，神宗非常悲伤，祭文中称赞他“乾坤正气，伊洛真儒。”沈鲤一生方正刚介，为万历年间著名的政治家、理学家，为人峻洁峭直，力行古道。历嘉靖、隆庆、万历三朝，被称为“三代帝王师”，世称“沈阁老”、“归德公”。