向甚矣，不可不慎也。”并指出朝廷以前向户部提取银两，充实库藏，以备缓急之需；而太监开列账单，却说全部用于创鳌山、修宫苑、制秋千、造龙凤船，冶金柜、玉盆等，要求皇帝严惩。疏上，更引起中官的切齿痛恨，于是抓住仰庇疏中有“再照人君”一语，说言官上书，胆敢对皇帝用“照”字，显属“大不敬”，激怒穆宗，下旨：“詹仰庇这厮悖逆，屡次狂妄，着锦衣卫拿来午门前着实打一百棍。
神宗继位，起用先朝直臣，仰庇任广东参议，到任仅一月，即因病回乡休养，家居13年，才调任江西参议，旋改任山东按察使司副使、南京太仆少卿，入为左佥都御史，进左副都御史。最初，仰庇因为直节敢言，享有盛名，因此屡受挫折，复职之后，虽然对朝政有些振刷论建，如申饬御史出巡事宜、定拟章奏体式以及请逐擅权玩法的中官鲸等，但为了保全自己的禄位，也转而依附权责，颇著形迹，为清议所不容，给事中王继光、主事姜士昌、员外郎赵南星、南京御史王麟趾等人一次发表言论。仰庇不自安，六次上章求去，神宗只好提升他为刑部右侍郎，让他称病请退。
詹仰庇回乡隐居后，很少与外人接触，只和二三位好友相互往来，留连山水之间，寄情吟咏，隐居在清源山巢云岩。泉州发生了地震，开元寺东塔顶盖折，詹仰庇倡修，并题《咏开元双塔金标》七律一首勒于塔中。詹仰庇去世，朝廷追赠刑部尚书，赐祭葬，准许他祠于学宫。