，在纷繁的人事争斗中，丕扬无私无畏，以正祛邪、发奸如神，选贤任能，因此也受到了来自各方面的诽谤和攻击，甚至也引起神宗帝的猜疑。
孙丕扬多次上疏求退，然“帝终念丕杨廉直”，多次挽留，直到“七十有八”仍“白首趋朝”，以效忠朝廷。史评“三十八年大计外吏，黜陟咸当”，“丕扬齿虽迈，帝重其老成清德，眷遇益隆”，然自知年事已高，执意辞官还乡，家居二年卒，年八十三，一代贤臣终落叶归根，后赠太保，史有“无私、廉政”，“发奸如神”之誉。