，戚继光一马当先手刃倭寇首领，余党走投无路，全部坠入瓜陵江淹死，而圻头倭寇竟又来侵犯台州，戚继光率军于仙居将其全歼，台州大捷后，戚继光官升三等。而后，闽、广一带的倭寇流入江西一带作乱，总督胡宗宪无法平定，于是让戚继光来增援，戚继光率军于上坊巢将其击破，倭寇奔走建宁，戚继光引军回浙江。
倭寇进犯福建，并联合福宁、连江等地的倭寇，先后攻陷寿宁、政和、宁德等地，从广东南澳方面侵略的倭寇联合福清、长乐的倭寇攻陷玄钟所，并进犯龙岩、松溪、大田、古田、莆田等地。倭寇声势浩大，当地官军不敢进攻，于是胡宗宪传令让戚继光带兵剿贼。戚继光领命后引兵先进攻横屿，横屿四面水路险隘不易通行，戚继光命将士们每人手持一束稻草，填壕而进，大破横屿倭寇，斩首两千二百余级。而后，戚继光乘胜追击，杀至福清，捣毁牛田，端了倭寇巢穴。倭寇余党慌忙逃往兴化，戚继光也不停歇，一路狂追，又捣毁倭寇据点六十余营，斩首无数。平定福建倭患后班师回浙江，行至福清，遇见少量倭寇从东营澳登入，戚继光率兵急攻，斩首两百人，经过几番战斗，闽广一带的倭寇几乎被戚继光杀光。
戚继光回到浙江后，从日本国本土而来的新的倭寇又伺机侵略，他们人数日益壮大以后，袭击兴化，但围攻了好几个月都没有攻下来。而此时刘显派了八个人带着书信到兴化传达信息，被倭寇拦杀，倭寇就换上刘显使者的服饰骗开城门，趁机攻陷了兴化城。倭寇攻陷兴化后，刘显率兵逼近兴化，但因为兵少，刘显不敢擅自攻城，却因此被弹劾，背负罪名，而福建总兵俞大猷也表示需要有大军合围。
朝廷以谭纶为右佥都御史、巡抚福建，前来支援，而都指挥欧阳深却中了倭寇埋伏搏战而死，倭寇遂占据平海卫。戚继光率领浙江兵前来支援，戚继光到后，谭纶立刻筹备对倭寇的总攻，先在各海道上环立栅栏阻断倭寇归路，而后谭纶以刘显为左军，俞大猷为右军，谭纶自领中军，以戚继光为先锋，围攻平海卫，一举告破，斩首两千余级，戚继光等率兵追击，倭寇道路不通，又被斩杀三千多人。于是刘显等光复兴化。朝廷以戚继光先前横屿大战，录前后战功，以戚继光为都督同知，世廕千户，代替俞大猷为总兵。
倭寇余党纠合一万多人围攻仙游，打了三天，戚继光率兵前往解围，倭寇败走，戚继光率军追击，追至王仓坪，斩首百余级，不少人都坠于悬崖摔死，余党数千人逃走占据漳浦蔡丕岭。戚继光分五哨将士攀岩而上，与倭寇短兵相接，连俘带