日复颁示辅臣瑞莲一支。”李太后因此被奉为九莲菩萨，神宗晚年，曾为顺应亡母李太后菩萨之尊号，曾颁布过两部经书：《佛说大慈至圣九莲菩萨化身度世尊经》与《太上老君说自在天仙九莲至圣应化度世真经》。
明神宗大婚，李太后将返回慈宁宫，她嘱咐张居正道：“我不能再早晚照护皇上了，先生亲受先帝的托付，望每天早晚都能对皇上有所教诲，不负先帝对你的信赖。”加上尊号为宣文，后加上尊号明肃。李太后与陈太后一起拜谒天寿山陵园，再加李太后尊号贞寿端献，又加上尊号恭熹。李太后去世，被上尊谥号为孝定贞纯钦仁端肃弼天祚圣皇后，合葬于昭陵，另在崇先殿祭祀。
李太后性情严明，万历初年的政务，虽委任张居正，但综核名实，国家近于富强，李太后之功居多。明光宗朱常洛还未被册立为太子时，给事中姜应麟等上疏请求册封太子而被贬谪，李太后听说之后很不以为然。有一天，明神宗到慈宁宫陪侍李太后，李太后便问他不册立太子的原因，明神宗回答：“他是都人之子。”李太后大怒道：“你也是都人之子。”明神宗听后惶恐不已，跪伏在地上不敢起来。
原来后宫中叫宫女为“都人”，李太后也是宫女出身，所以她才会这么恼怒，明光宗因此才得以立为太子。群臣请求让福王朱常洵前往藩地，且行程已定，其生母郑贵妃想将出发日期推迟一年，以给李太后祝寿为理由。李太后说道：“我的儿子潞王朱翊镠也可以来京拜寿吗？”郑贵妃听她这么说，才不敢留住朱常洵。御史曹学程因为进言而被判死罪，李太后怜惜他的母亲年老，为他在明神宗面前讲情，将他免罪释放，李太后的父亲李伟被封为武清伯。李太后家人曾经犯有过失，她便命宦官前去列举其过，而将有罪家人依法处置。不过，李太后十分信奉佛教，在京城内外多处建造庙宇，动辄耗费巨万，明神宗也出资无数帮助修建，张居正在世时，曾经为此进谏劝阻，但没有被李太后采纳。