陷应交的白银尚未交清，魏忠贤命抚按严加追赃，逮其亲属十四人。长兄左光霁被株连致死，左母因二子俱死，悲痛而卒。都御史周应秋还认为官员追赃不力，上疏催促，因此左光斗、杨琏等人都家破人亡。当魏忠贤编定《三朝要典》时，移宫案以杨涟、左光斗为罪魁，准备开棺戮尸，有人劝解，这才幸免。
明熹宗驾崩，明思宗即位，改元崇祯，惩办阉党，魏忠贤畏罪自杀，思宗追赠光斗右都御史、太子少保，录用其一子为官。