，西李派李进忠阻拦，数次让人叫朱由校回来，不准他去文华殿。最终朱由校还是登上了皇位，改年号为泰昌，次年为天启，并且逮捕了辽东总兵官李如柏，葬明神宗万历皇帝、孝端显皇后于定陵，命辽东巡抚兵部侍郎袁应泰代替熊廷弼经略辽东。
明熹宗即位之初，就封乳母客氏为奉圣夫人，颇为优容，东林党人担心客氏干政，建议按例赶客氏出宫。客氏与魏忠贤狼狈为奸，反击东林党人，一时之间，擅权弄政，厂卫横行。魏忠贤原名李进忠，因为好赌成性，输了钱，愤然自宫，选入宫中。他虽然目不识丁，却善于谄媚，不但攀附上宦官魏朝，还通过魏朝，拜入大太监王安的门下，王安因为拥立天启帝有功，一时间在宫中权柄极大。同时，魏忠贤结交客氏，二人对食，客氏喜爱魏忠贤，于是厌倦旧相好魏朝，魏忠贤趁机打败魏朝，进而阴谋害死王安，成为宫中权力最大的太监。
朱由校即位后，令东林党人主掌内阁、都察院及六部，东林党势力较大，众正盈朝。杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙、孙承宗、袁可立等在朝中担任重要职务，方从哲等已逐渐被排挤出去，吏治稍显清明。
努尔哈赤率军攻陷了沈阳，明总兵尤世功、贺世贤都战死，总兵官陈策、童仲揆、戚金、张名世前去援助辽东战事，和后金军在浑河大战，但全军覆没，努尔哈赤攻取了明朝辽东重镇辽阳，经略袁应泰自杀。努尔哈赤攻取辽阳之后，明熹宗再次启用熊廷弼，任兵部尚书兼右副都御史，经略辽东，升任参将毛文龙为副总兵，命他排派兵守镇江。
后金军攻取西平堡，明副将罗一贵战死，镇武营总兵官刘渠、祁秉忠在平阳桥与后金军大战但是最后战死，王化贞与熊廷弼撤入关内，以袁可立为右佥都御史巡抚登莱赞理军务，节制两镇兵马。熹宗封皇五弟朱由检为信王，同时朱由校还下诏为张居正平反，录方孝孺遗嗣，优恤元勋，给予祭葬及谥号。
魏忠贤执掌东厂，用阉党的势力制衡风头正盛的东林党。朱由校还喜欢自己动手做些木工，终年不倦，然而，每每他做这些事情的时候，魏忠贤就奏事。天启帝厌烦，不肯听下去，推说自己已经都清楚了，你们看着办就行，魏忠贤借机多次矫诏擅权，排挤东林党人，东厂番子横行不法，奸佞当道，国内爆发徐鸿儒起义和奢安之乱，外部受到后金威胁。
左副都御史杨涟弹劾魏忠贤二十四条大罪，各大臣也有跟多议论魏忠贤罪行的，朱由校都不听从，朝廷削去吏部侍郎陈于廷、副都御史杨涟、佥都御史左光斗的官职。魏忠贤