傅宗龙担任兵部尚书，自弘治初年贾俊以后，举人没有做过尚书的。当时军事危急，大臣们都不愿当兵部尚书，所以陈新甲当上了，陈新甲为人有魄力，起用傅宗龙、孙传庭等人。朝见过后，陈新甲递上保卫邦国的十条办法，其中大多是廷臣曾经说到过的，只是他讲到天寿山后边应当设置总兵，徐州也应设一重镇，开通两京咽喉，向南保护皇陵，中间防守漕运，崇祯帝都采纳了。陈新甲又讲了兵部事务的四个要点及军事方面存在的四种失误，崇祯帝就命令他加以整顿。
李自成打下洛阳、襄阳，福王和襄王两位藩王遇害，陈新甲贬官三级，继续任职。按照原先的规定，府、州、县城郭失守的，长吏要判处死刑。宛平知县陈景建议说：“村镇被焚掠三处的，长吏也应当判处充军”。陈新甲同意他的意见，上书说：“各级官员能兼顾城乡的，就给以记功；如果四面的郊区受到攻打，与贻误军机同罪。”崇祯听从了他的意见。不过，当时中原各地都是强盗，他的办法并不能完全执行下去。杨嗣昌死在军队里，陈新甲推荐丁启睿过去接任，议论的大臣都埋怨他用错了人。不过傅宗龙、孙传庭当时都因为一点小罪被关在监狱里，陈新甲在召对时称赞他们的才干，退出来后又上书极力推荐。他们两个得到重新任用，都是靠陈新甲出的力。不久，由于边境上秋防的战功，新甲恢复了贬下的三级。
松锦之战爆发，当时锦州被围困很多天，外边的援兵断绝，有士兵从锦州逃出来，传祖大寿的话，请大部队用车营逼过去，但不要轻易开战。总督洪承畴召集了几万部队过去增援，也没敢决战。一开始洪承畴和崇祯帝都认为应该持重缓进，承畴以兵分力弱，意主持重以待。帝以为然，但陈新甲主张速战速决，坚持要求分四道夹攻，遣张若麒游说，同时亲自写信激洪承畴出兵。结果大败，明军被围歼，洪承畴被俘虏，后终于降清，松山、锦州相继失守，言官皆弹劾新甲、张若麒之失误，陈新甲乞罢不许。
陈新甲很有才干，晓习边事，但是不能以廉洁自持，所使用的都是他欠了人情债的军官，他和宫廷中的宦官深相结交，引以为援，其中与司礼王德化尤其亲近，所以言官批评他都不能使皇上入耳。李自成入河南，开封屡被围，他郡县失亡相踵，总督傅宗龙、汪乔年出关讨农民军，先后毙命。言官劾新甲者，章至数十，新甲请罪章亦十余上，崇祯帝总是慰留他。
早先，陈新甲因为南北交困，派遣使者来与大清议和，背地里告诉过傅宗龙。宗龙离开京师时，把这事告诉了大学士谢升。谢升后来看