孟的大腿上，左右一声断喝：“打！”旗校挥棍杖击文震孟的大腿，每打5棍，就换一个旗校，80根下来，文震孟被打得皮开肉绽，接着诏令下达：文震孟贬谪出京。
职司监察、纠劾的御史和给事中纷纷上疏营救文震孟，为他说情，熹宗一概不理。文震孟也不去贬所，出京后便径直回了长洲老家，闭门谢客，打算终老于家。文震孟受杖而归距他荣赝状元桂冠不过七、八个月。文震孟在家度过了平静的四年，第五年上，太仓籍的进士顾同寅、官学生孙文赋诗悼念被“阉党”诬杀的抗金名将熊廷弼，被捕下狱，御史门克新奏劾顾同寅、孙文的诗为“妖言”，还把文震孟牵扯进去。结果，文震孟被夺宦籍，贬为平民。
熹宗去世，他的弟弟朱由检承嗣大位，年号“崇祯”。面对衰颓的江山，崇祯帝试图挽狂澜于既倒，他登基后的第一件大事，便是铲除“阉党“，魏忠贤畏罪自杀，客氏被杖毙，“阉党“中坚人物崔呈秀也自缢身死。与此同时，皇帝诏令为被“阉党“害死、贬谪的官员平反，文震孟应召入京，出为侍读，在退出官场6年后，文震孟再次入仕。不久，文震益调任左中允东宫左春坊的属官，奉命以左中允的身份充任日讲，为崇祯帝讲解经史。
金主皇太极率十几万精兵从喜峰口攻入关内，一路杀掠，兵峰直抵北京城下，在押囚犯刘仲金等170人乘机越狱逃跑，被捉获。崇祯帝闻讯，龙须大怒，诏令逮捕刑部尚书乔允升、左传郎胡世赏及提牢主事熬继荣下狱，准备问死。按律乔允升、胡世赏不应受此罪，崇祯皇帝此举失当，但他正在火头上，公卿大臣无人敢谏刚直的文震孟不肯坐视，打定主意劝谏。一天，轮到文震孟为崇祯皇帝讲解《鲁论》、《论语》，在鲁地流传的一种版本，讲到“君使臣以礼“一段时，他反复讲解，规讽崇祯帝，崇祯帝感悟，马上降旨放出乔允升、胡世赏。
因边境危机，崇祯帝下诏求安边将才，‘阉党’残余王永光时为吏部尚书，乘机荐举同党吕纯如等人，试图为‘阉党’翻案。一时间，‘阉党’的残渣余孽蠢蠢欲动，鼓噪翻案，文震孟见状，上疏弹劾，但崇祯帝很宠信王永光，不信他有什么不轨行为，对文震孟的奏疏不予理睬。不过，他也没有怪罪文震孟，相反认为他忠心可嘉，把他升为左谕德，掌管司经局。
司经局是东宫衙门，职司经籍。文震孟仍兼任日讲官，文震孟坚信王永光图谋翻案，遂再一次上疏说：“众小人合谋，想借守边将才等事为‘阉党’翻案。天下有无才而误事的君子，没有怀忠而报国的小人。今