压缩，绝其资储”的方法加以逼迫，经过一百多天的围剿，斩叛军万余人。安位终于遣使乞降，平叛战争结束，贵州亦恢复安宁，朱燮元于是献善后奏疏，请求将新收土地封予封有功将士，得到允准。
奢安叛乱的平定，四川诸将被认为功劳最多，但在处置川贵之争时，朱燮元却偏袒贵州诸将，因此受到四川巡按御史马如蛟的弹劾，朱燮元遂极力请辞，被思宗极力挽留。朱燮元派兵讨平定番、镇宁等地的苗人叛乱，顺势修通威清等上六卫及平越、清平、偏桥、镇远等四卫共一千六百余里的道路，沿途修缮堡寨，设置游徼。同时将原贵州宣慰司同知宋嗣殷的领地“洪边十二马头”改土归流，设立开州，奏请恢复原施秉县，招徕流民，以充实户口。
云南阿迷州土官普名声作乱，震动远近，云南将官无法抵御，朱燮元派兵出击，成功将其招抚。之后，朱燮元与四川总兵侯良柱争执龙场设官问题，互相攻讦。四川巡按御史刘宗祥也以朱燮元“受贿，龙场、永宁不置邑卫”等事弹劾他“欺罔”之罪。思宗因此责备朱燮元，朱燮元上疏自辩，并认为水西已经归附，则不必再做徒劳功，激怒各土司。思宗览奏，仍未同意，直到后来遣使就地勘察，方才允准。
事后，明廷论桃红坝等地战胜叛军之功，加授朱燮元为少师，允许其家世荫锦衣指挥使。后因一品六年满，加左柱国，再据平叛功，晋升为世荫锦衣指挥佥事。安位死且无嗣，诸部纷争，朱燮元建议分割水西之地，授诸渠长及有功汉人，允许其人世代承袭，至此，西南遂底定。朱燮元所招抚的部分土官发动叛乱，奉命平叛的方国安等军兵败，朱燮元受牵连被贬官一秩，但此次叛乱在不久后亦被平定。
朱燮元在任上逝世，享年七十三岁，朝廷赐祭九坛，并赐墓于九里山，最初获谥号为“襄毅”，后改谥“忠定”。