方从哲，字中涵，北直隶顺天府大兴县人，祖籍浙江省湖州府德清县，万历、泰昌朝内阁首辅。
方从哲，出仕前的早年经历已不可考，在翰林院任编修时文笔突出，多篇文章被首辅王锡爵收入文选，以为模范。讲学东宫，曾多次上书神宗，维护太子的地位，转从四品朝列大夫，为国子监的司业、祭酒，又上书神宗，请求不要再开矿收税。不久，因为司礼监秉笔太监田义让做监生的侄子走后门当官，被从哲拒绝，就放话要整从哲，于是从哲辞职在家闲居。
在家十多年，从哲交游很广，声望日隆，东林老前辈叶向高很看重他，先后举荐他续修玉牒、出任礼部左侍郎兼翰林院侍读学士，但从哲未就。此时，朝政日非，缺官严重，竟然找不到能充当主考的人，叶向高又举荐在家的方从哲出任礼部右侍郎，权副主考官。叶四次上书，明神宗仍不决，但关键时刻，他又突然下中旨，委任从哲为吏部左侍郎，辅佐叶向高主考会试。结果因为中旨与吏部的会推结果不合，引起言官们反对，从哲于是告退，但是神宗坚决这样任命。
方从哲居家十五年，一出山就引起风波，预告了他之后艰难的首辅之旅。当时，内阁叶向高也是一人独相，他上书75次要求增补阁臣，都如泥牛入海。然而方从哲出山后，神宗似乎找到了理想人选，于是下令立即增补，下令从哲与前礼部左侍郎吴道南同加礼部尚书、东阁大学士，入阁为相。吴道南暂时未入京，因此由方、叶二人辅政。
当时，吴道南尚在官籍，叶向高任首辅，政事大多由叶向高裁决，叶向高离开京都，方从哲便独自为相，奏请召回旧辅臣沈鲤，皇帝不同意。御史钱春弹劾他逢迎取悦皇上，方从哲请求罢职。皇帝下诏好言抚慰，挽留。不久，吴道南到来，遇上张差遭梃击的事件发生，刑部以疯癫为名将他藏匿在监狱中。王之寀搜取了情况，庞保、刘成等人的马脚开始显露。方从哲与吴道南斥责王之寀言语荒谬，皇帝采纳了他们的意见。吴道南遭舆论的诋毁，多次请求辞职，后来因母亲的丧事而回乡。方从哲又单独任宰相，马上上奏请求推举、补充内阁大臣。从此之后每月必定奏请，皇帝认为一个人足以胜任，终究没有增添内阁大臣。
当时，东宫长期停止讲授，瑞王的婚礼过期，惠王、桂王没有选择配偶，福府的庄田派宦官督促赋税，又提议下令卖盐，御旨指令吕贵监督织造，驸马王籨因为救助刘光复被剥夺冠带，山东兴起盗贼，多次出现灾变，言官翟凤罛、郭尚宾因为直言劝谏贬职，皇帝派宦官传令工部侍郎林