宫，驾临文华殿，召见群臣，当面商议战守的策略，也没有答复，他十次上奏请求补充内阁大臣，心情极度悲哀，皇帝才命令朝廷大臣推举。等到推举给皇上，又不任用。方从哲又接连奏请，才选用史继偕，奏疏仍然留在宫中，终万历帝之世没有下达。御史张新诏弹劾方从哲的诸封奏疏，归罪于君王，诳言骗人，祖宗二百多年的基业毁坏在方从哲的手中。御史萧毅中、列蔚、周方鉴、杨春茂、王尊德、左光斗，山西的参政徐如翰也相继上奏攻击他。
方从哲接连上奏表白自己，并请求罢免官职，皇帝都没有理会。自从刘光复被投入监狱，方从哲数十次上奏相救。皇帝特例释放他为平民，而用人与行政的诸件奏章始终没有下发。皇帝患病几个月，遇上皇后逝世，方从哲刚刚哭完，就奏请到皇帝龙床前侍候。皇帝在弘德殿召见他，他跪着诉说了很久。于是，奏请补充内阁大臣，任用大臣，下发谏书、命令，皇帝同意了，他才叩头出门。皇帝一向厌恶言官，在此之前的考选后任职、授命的人，都要候职二、三年。等到这时候，等待再次任职的人则要四年，方从哲几十次上奏想请求任命这些人最终没有下发。皇帝自认为天下平安，官吏不必完备，有意减少他们。等到辽左的兵事兴起，又不想矫正以前的过失，照旧施行，方从哲单独执政，最终没有什么匡扶、救助。又任用姚宗文到了辽东察看，将经略熊廷弼倾轧离去，于是丢失了辽阳，论事者称明朝的灭亡，实际上由神宗酿成，而方从哲是罪魁祸首。
光宗继位，郑贵妃因为以前福王的缘故，怕皇帝怀恨她，呈送珠玉以及八名侍姬利诱皇帝。所选送的侍姬李氏最受皇帝宠爱，于是贵妃请求立选侍为皇后，选侍也替贵妃请求册封太后。皇帝已经患病重，命令方从哲册封贵妃为皇太后，方从哲赶紧命令礼部。侍郎孙如游极力争辩，此事才终止，皇帝不朝见，方从哲与朝廷大臣到宫门前问安。
当时，京城纷纷传说宦官崔文升进呈泄药，皇帝因此萎靡，而且皇帝的圣谕中有“头目眩晕，身体软弱，不能动脚”的话，众人的情绪更加疑惑、惊骇。给事中杨涟弹劾崔文升并波及方从哲。刑部主事孙朝肃、徐仪世，御史郑宗周一起呈书方从哲，请求保护圣体，迅速建立皇储。方从哲向皇帝问安，于是劝谏皇帝慎重吃药，皇帝褒扬并答应了他。
皇帝的病情已经很危险，皇帝召唤方从哲、刘一燝、韩爌，英国公张惟贤，吏部尚书周嘉谟，户部尚书李汝华，礼部侍郎署理部中事务的孙如游，刑部尚书黄克缵，左都御史张问达，给事中范济世、杨