帝没有听从。
李自成破宣、大，崇祯帝在勤政殿单独召见巩永固，密商南迁事宜，但因南下道路阻塞，竟不能行，又将太子朱慈烺托付给巩永固，但也为时已晚。李自成兵临北京城下，崇祯帝召刘文炳、巩永固带家丁前来护卫，对二人说：“外城已陷，二卿所纠家丁能一巷战，事尚未可知。”二人说：“臣等各带数骑，誓死御贼。”崇祯帝说：“如此何济？”随后哭泣说：““朕志决矣！”巩永固说：“臣等已积薪第中，当阖门焚死，以报皇上！”于是，君臣环泣，左右莫能仰视，崇祯帝说：“朕不能守社稷，朕能死社稷！”刘文炳、巩永固说：“万一都城不守，皇上当焚宗庙三殿，臣等望三殿火起，臣家即自焚，从皇上于鼎湖矣！”崇祯帝点头，并命二人回去。
刘文炳与巩永固同守崇文门，向闯军射箭抵御，最终寡不敌众，决定各自回家殉国。当时，公主尚未下葬，巩永固在棺椁旁已堆积柴薪，并将公主生前冠裳、收藏书画以及自己所乘马鞍放在薪下，回去后全部焚烧，其余财帛都散给家人。又命奴仆取酒，一杯北向洒地，以拜皇帝，一杯敬公主，一杯自己喝下，说：“此永固报陛下、殿下时也！”随后自刎，时年三十一岁，所穿白戎服上已写好“驸马都尉巩永固死节”九字。
关于巩永固的子女，史书有不同记载，一说他有五名子女，明亡时全部被巩永固绑在公主的棺材旁，阖家自焚而死。另一说他无子，只有一女，嫁给李国桢之子，在弘光政权灭亡后随夫降清入旗，丈夫死后，拒绝八旗贵族霸占及选入清宫，乃至剺面断发，得以守节终身。
巩永固嗜好读书，明末官员李清曾在书肆中看见《皇明咏化编》，想要购买，书商故意抬高价格，李清便暂缓购买，过了一会儿再来访，得知已为驸马巩永固买下，李清感到诧异：“驸马皆豪华自喜，渠所好乃尔！”