恒慕义：《清代名人传略》，第57页。
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不过，阮大铖从前的伙伴冯铨大胆地给了他一个清朝官职。李清：《三垣笔记》补遗卷下，第4页。
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方国安既是马士英的同乡，又是他以前的副将，后被清军所捕杀。《明史》（国防研究院），第3498页。
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“浙闽总督张存仁疏报：‘伪阁臣谢三宾、阁部宋之普、兵部尚书阮大铖、刑部尚书苏壮等四十八人投诚’。”《世祖实录》第二十七卷，第327页，1646年9月22日条。
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罗伯特·B·克劳福德：《阮大铖传》，第48、73页。
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1647年9月7日奏章，《明清史料》丁编第一册，第1页。见《南明史料》，第36页。
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谢国桢：《明清之际党社运动考》，第108页；克劳福德：《阮大铖传》，第48、75页。
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1646年9月7日奏章，《明清史料》丁编第一册，第1页。见《南明史料》，第36页。
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傅路德：《乾隆时的文字狱》，第100—101页。准许钱谦益回乡治病的敕令签署于1646年8月10日。《世祖实录》第二十六卷，第317页；郭松义：《江南地主阶级与清初中央集权的矛盾及其发展和变化》，第132—133页。
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清政府还采取措施，重新实行食盐的国家专卖。1645年李发元接任督转盐运使，发现扬州“芜城再虚”，两淮地区盐商大多资本蚀空，四散逃匿。尽管清政府指望李发元增加收入，以支撑军费开支，李发元却屡次上奏，主张免征浮课，以便吸引商人回到此地。渐渐地，商人返回了这一地区，恢复了食盐的生产与销售。王思治、金成基：《清朝前期两淮盐商的盛衰》，第1—2页。
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1646年10月奏章，《南明史料》，第4—6页。到1646—1647年，苏松地区的棉织业也开始恢复。彭泽益：《清代前期手工业的发展》，第9页。关于清政府对地区间谷物贸易的支持，见石锦：《太湖小农经济》第六章，第8页。中央政府还同意减免赋税，以利于这一地区的平定。永行蠲免河南、江南两地的加派辽饷、练饷、召买等项，1645年6月24日以前正额钱粮之拖欠在民者，亦尽行蠲免。1647年3月17日，敕免闽浙两地加派与逋欠的钱粮，赐耆旧衣食。沈翼机编：《浙江通志》第七十六卷，第1—2页；《世祖实录》第三十卷，第356—357页。据1646年嘉定的一通碑文说，清政府竭力鼓励农民开垦自万历以来即已荒废的那些土地，还采取了专门的措施，来抑制官府税收胥吏的贪污习气。上海博物馆图书资料室编：《上海碑刻资料选集》，第139—143页。
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一些记载表明，吴易受邀重新指挥周瑞的复明军。陈子龙：《陈忠裕全集》“年谱”下，第3—4页。温睿临也认为周瑞的地位较高。温睿临：《南疆绎史》，第398—401页。此说为正史的编纂者所采纳。《明史》，第3115页。看来这时太湖是各派叛军匪寇的巢穴，例如有与明高安王有联系的复明分子，以及沈天叙手下由明乐安王委派的一支武装。高安王后来被清朝捕获杀害，沈天叙袭击清朝运送军需品的车辆，被一队清政府的巡探逮捕，受刑而死。同上书，第4114页；查继佐：《国寿录》，第75页。
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《吴江县志》，引自吴伟业《吴诗集览》第四卷上，第2页；《大清一统志》第八十三卷，第15页。洪承畴责令一位官员调查吴江城轻易失陷之缘故。土国宝发现吴江巡检只关心治安，而将当地的守备事务交给了士绅与儒学学官。此人遂以疏于守卫城壕被劾。1646年10月20日奏章，《明清史料》已编第一册，第18页，见《南明史料》，第39—42页。
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1646年5月16日土国宝奏章，《明清史料》已编第一册，第14—15页，见《南明史料》，第30—32页。巡抚土国宝请求移用地方经费并征收特别税，用以训练2000名水军士卒。
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吴易的僚属包括陈继、朱斌和沈泮。陈子龙：《陈忠裕全集》“年谱”下，第3页。
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同上书，第4页；谢国桢：《南明史略》，第90页；谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第133—134页。
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陈子龙：《陈忠裕全集》“年谱”下，第4页。王云为陈子龙“年谱”1645—1647年条写有补遗。钱漱广在此后不久去世。
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1646年5月16日土国宝奏章，《明清史料》已编第一册，第14—15页，见《南明史料》，第30—32页。虽然到1646年7月，清军已占领绍兴，但绍兴与宁波之间的地区尚未完全平定。“大岚洞主”王珝领导的武装在两城之间的四明山区有力地抵抗着清军。王珝战败之后，这些绿林好汉在首领胡双奇等人率领下，在整个17世纪70年代仍继续反抗清朝统治。谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第19页。
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顾沅等编：《吴郡五百名贤图传赞》第十五卷，第8页；谢国桢：《南明史略》，第91页；谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第134页。130年之后，乾隆皇帝下诏在吴易的墓地修建祠庙。陈子龙：《陈忠裕全集》的记载略有不同，见“年谱”下，第4—5页。
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傅衣凌：《明代江南市民经济试探》，第88页。居住在临湖（归安）的徽商害怕抵抗会破坏商业贸易，所以早早募集了捐款，等清军一到就付给他们。临湖因此免遭兵焚，商业经营一如既往。石锦：《太湖小农经济》第三章，第27—28页。
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温睿临：《南疆绎史》，第399—400页。
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土国宝于1646年9月7日呈递北京的奏章，《明清史料》乙编第一册，第16页。见《南明史料》，第33—34页。
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此人系武进人氏，人称许生。他指责巡抚背叛明朝，并说“今生员含笑而去，不望含泪而归”。许生和另外一些人被逮捕处死。计六奇：《明季南略》，第282页。
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其部众都是菜贩子，故遇兵即溃。计六奇：《明季南略》，第272页。
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《明清史料》已编第一册，第14页，见《南明史料》，第29—30页；谢国桢编；《清初农民起义资料辑录》，第142—145页。
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清军渡过长江进攻南京六天之后，溧阳的绅士们和南明知县李思模就转而求助于率众抵抗的潘茂。潘茂也是彭家的奴仆。6月23日，知县李思模逃跑，潘茂一伙却将溧阳簿籍献给了清人，转而打击乡绅，洗劫他们的家园，对他们严加刑讯，以逼取珠宝。奴仆们对溧阳城一带的地主竭尽羞辱、恐吓之能事，在他们脸上涂抹污泥（这也许就是他们称作“削鼻党”的原因），迫使缙绅地主们也着手组织了一支武装，进行抵抗。他们俘获并残杀了许多二潘的部众，于是“削鼻”党分子（他们被赶回了溧阳城）向清军求援。全副武装的八旗兵打败了地主武装，但清军也失去控制，在这一带抢劫了许多村庄。潘茂和潘珍向几个不知其名的清朝高级官员行贿，从而得到了溧阳县官的职位，从1645年8月15日到11月11日多少是正式地统治了这个地区。周廷英：《濑江纪事本末》，第139—150页；谢国桢：《南明史略》，第92页。
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1645年12月毛九华奏章，《明清史料》丙编第六册。见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第128—129页。
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《溧阳县志》第八卷。见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第129页。1645年11月，几位著名的溧阳乡绅秘密与南京清政府接触，列举潘茂和潘珍的罪行，清军于是逮捕了他们。12月24日，处死二潘。周廷英：《濑江纪事本末》，第152—157页。
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这个士人叫吴任之。1646年7月13日姜进仪奏章，《明清史料》甲编第二册，见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第122—123页。
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姜进仪奏章。转引自《南明史料》，第123页。
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唐仲冕、汪梅鼎编：《嘉庆海州直隶州志·海州志》第三卷，转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第126页；温睿临：《南疆绎史》，第370页。许多支持兴昌王的“盗贼”，包括高进忠在内，都被清朝淮阳漕运总督沈文奎逮捕杀害。逮捕活动一直进行到1645年深秋。《清史稿·沈文奎传》，转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第122页。显然，高进忠早先投降过洪承畴。根据清代案卷中的一个奏章说，高进忠在崇明岛上聚集了一批贫民。在洪承畴对他进行招降之后，他起初与清人合作，提供3000多士兵和69艘战船来帮助收复崇明岛。如果这是同一个人的话，那么他的倒戈叛乱就一定危及到了洪承畴的招抚政策。《明清史料》甲编第三册，第103页，转引自李光涛：《洪承畴背明始末》，第256页；《世祖实录》第二十二卷，第264页。除了为金声领导的短命的勤王运动而组织的休宁、安庆起义外，在上游的武昌也爆发了一场由荆王领导的规模较大的南明起义。张天禄从前是史可法手下的一个明朝总兵，镇压了武昌起义。温睿临：《南疆绎史》，第238—241页；谢国桢编；《清初农民起义资料辑录》，第140—142页。
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这些人包括：溧阳的谢琢、盐城的司石磐、广德的吴原成，以及如皋附近的张明圣。温睿临：《南疆绎史》，第369页；《清史稿·洪承畴传》，转引自《洪承畴背明始末》，第259页。
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《世祖实录》第二十四卷，第28—29页。朱谊漇的爵号大概是假造的。有些记载说他就是瑞昌王，而在另一些记载中，他被误作为乐安王朱谊石。朱谊漇有时也被称为朱谊漇。《洪承畴背明始末》，第258页。
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早在1646年3月6日，朱谊石就试图猛攻东朝阳门，但进攻被击退了，没有成功。许多复明军士卒在向南京东北摄山林坡逃命时被杀。《明清史料》甲编第一册，第170页；《清史稿·洪承畴传》。转引自《洪承畴背明始末》，第258—259页。
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根据后来一个复明分子向清朝审讯官的供认：“伪瑞昌王及朱君召等图谋，以各处贼党众多，惟缺少钱粮、器械，要先谋渡江北，用奸细取六合，仪真（征）二县，得了钱粮、器械，便倚据山险，纠江北各处贼党，成就大事。”1646年10月8日洪承畴奏章，见《明清史料》甲编第二册，第170页。关于安徽山区后来发生的起义，见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第143页；《南明史料》，第109—111、135—136页。
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1646年10月8日洪承畴奏章。《明清史料》甲编第二册，第170页。
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同时，负责江防的官员范承祖（他也许是清朝著名义士范承谟的兄弟）带领一些人马渡江到六合、仪征，阻止当地可能发生的起义。1646年10月8日洪承畴奏章，同上。
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这说明巴山自己也认识到，虽然这个地区的民众在原则上可以分成“良民”和“贼”，但在实际中却很难予以区别。“诸臣目击村落团集良民，与真贼难辨，若纵兵剿杀，必至玉石不分。”1646年10月8日洪承畴奏章，《明清史料》甲编第二册，第170页。
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1646年10月8日洪承畴奏章，同上。
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《清史稿·洪承畴传》载：朱谊漇（即朱谊漇）在复明分子进攻南京时被俘。这一说法的依据，可能就是《东华录》，1646年9月22日条。《东华录》载：朱谊石（即朱谊漇）于此日被俘。这两种说法都与洪承畴11月8日奏章不相符合，奏章提到朱谊漇还没被俘。《洪承畴背明始末》，第259页。近来，在北京明清档案中发现一条材料，说金声桓于1647年夏天俘获了瑞昌王。见1647年8月31日的一份奏章，故宫博物院明清档案部编：《清代档案史料丛编》第三分册，第94—95页。
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《世祖实录》第二十八卷，第331页；第三十卷，第353、360页。1647年2月13日洪承畴奏章，《明清史料》甲编第二册，第175页；《南明史料》，第184页；《清史稿》洪承畴、巴山传，见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第126—128页；《南明史略》，第93页。也在这时，南京上游一些县的地方官开始重建本地孔庙，作为恢复安定的一个标志。其例可见张其昀等合编；《全椒县志》，第344页。
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小威尔斯：《中国沿海》，第221—222页。
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亲王博洛于1646年6月14日抵达杭州。在钱塘江彼岸的南明军队由方国安指挥。因为干旱，钱塘江水位下降，满洲军兵遂得以骑马过江。7月10日方国安部被击溃，退守绍兴。监国鲁王即建都于绍兴。三天后，清军向这一地区合围，监国鲁王守不住台州至绍兴间的关隘，便经海门从海上逃跑了。他在张名振处避难，张名振后来带他去了舟山岛。《明清史料》甲编第二册，第153、160页；《明清史料》所载张存仁1646年1月3日与12月21日之间所上的奏章，见《南明史料》第1—8、12—13、15、34—35、42—44、48—49页；斯特鲁弗：《南明》，第60页；谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第146页；查继佐：《国寿录》，第1、54—56页；钱肃润：《南忠记》，第113页；狄百瑞：《帝国的蓝图》，第21—24页。
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起初，投机取巧的政客与“土寇”给清军的占领造成了极大困难。关于归降人员与官府胥吏作弊的详情，见《南明史料》，第15—17、23页；关于盗贼活动的记载，见上书，第60—62、102—108、120、136—137、142—143页；陈伯陶：《胜朝粤东遗民录》第二卷，第27—29页；谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第146—147页。抵抗活动在17世纪50年代一直存在（见上书，第147—154页），不过自1649年12月清军长期驻守杭州后，不安定的状态好转了。《南明史料》，第149页；沈翼机：《浙江通志》第一四九卷，第3页。
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最初进攻浙江的主要人物佟国赖，是佟国器的亲戚。恒慕义：《清代名人传略》，第794页。
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傅路德、房兆楹合编：《明代人名辞典》，第29页。
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冈本跻：《政治道德危机》，第85页，并参见第57—59页。
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同上书，第86—96页。基督教在浙江的地位特别牢固。17世纪30年代反基督教分子声称，浙江省官员暗中与基督教徒结盟，做他们的保护人。道格拉斯·兰卡什尔：《明末中国佛教徒对基督教的反应》，第91—92页。
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<li>
唐王政权的军队在安徽中部和南部做了重要的军事努力，最终，那里的南明官员金声被杀。1645—1646年冬张天禄给清政府的一份报告，生动地描绘了池、太平、徽、宁国四州府所遭受的破坏。城乡皆无人烟，尸骨遍野如草。一到夜晚，空中就闪烁着绿色的磷火。《明清史料》甲编第三册，第516页，转引自《洪承畴背明始末》，第260页。
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<li>
巴克士：《郑芝龙的兴衰》，第436页。
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<li>
查继佐：《国寿录》，第138页；钱肃润：《南忠记》，第115页。
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1646年10月17日清军进入福州时，该城实际上已被郑芝龙放弃，军火库被毁。郑芝龙将他的根据地撤到安海，然后，在11月21日向福州的清军统帅投降。斯特鲁弗：《南明》，第61—62页；恒慕义：《清代名人传略》，第110—111页。
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<li>
褚华：《沪城备考》第一卷，第11页。
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<li>
斯特鲁弗：《传统中国社会中史学的作用》，第17—18页；斯特鲁弗：《南明》，第39、61—62、72—73页。
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由于朝服不够，此后十天内绍武政权所任命的官员不得不向本地伶人购买戏袍。戴维·哈里森·肖尔：《中国明代最后的朝廷》，第25—27页；参见德·帕拉福克斯：《鞑靼人中原征服史》，第145—146页。
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<li>
永明王朱由榔是万历皇帝唯一幸存的孙子，亦称桂王，这是他在隆武皇帝死后改称的爵号。为躲避张献忠向湖广南部的进犯，早在11月中旬听得隆武死讯时，永明王就在他的军事保护人丁魁楚的劝说下，在肇庆宣布摄政。11月22日，得知赣州失陷，新摄政王离开广东去梧州，正好越过广西边境。这样，苏观生和其他广州官员觉得他们被新摄政王抛弃了，遂于12月12日在广州提名隆武的弟弟朱聿