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刘泽清案件</h2>
甚至在东明和曹县陷落之前，就有新的证据暴露出刘泽清与起义的牵连。1648年11月4日，当游击佟文焕的骑兵在清剿东明与曹县之间的道路时，一个名叫陈桂的年轻女仆在翻越刘泽清在北京的府第后墙时被巡卒抓住。在刑部审讯下，她说她看到过一封刘泽清给他在曹县的母亲的信，预先通知她即将爆发起义。而且，她在家里听到传闻说刘泽清还给榆园军送去过一封信，约定10月1日在京城领导起义。
根据这一新证据，加之已抓住大多数起义领袖，清廷感到围捕刘家成员的时候已经到了。12月3日，多尔衮颁布敕令，指责刘泽清谋反，下令对此案进行彻底调查。接着，刑部尚书吴达海遣官审问李洪基和李化鲸，他们很快就垮了下来，招供了清廷想要知道的事情。根据他们的招供，刘泽清的侄子刘之干曾扮作僧人秘密去过南方。在他返回时，带来了两个人，即郑隆芳及姚文昌，这两人以前是刘泽清手下的参将，现在南明政权中做将领。这两人受命在曹县策划一次复明起义。如果李化鲸和李洪基有意参加——对此刘之干已经应诺——他们就会分别被任命为都统，晋封亲王。这一在曹县发动起义的计划，时间安排在与刘泽清领导的北京起义同时。所以，在告诉了他们这一密谋之后，刘之干动身去京城与他叔叔协调计划。八天之后，即1648年7月17日，刘之干从北京返回，与李洪基联系，命他于8月24日进攻曹县。结果，李洪基实际直到9月5日才发起进攻，不过他们进攻曹县，则显然是由上述密谋引起的。
仅仅根据李化鲸和李洪基的供词，此案并不直接牵连刘泽清。因为，这两个反叛者只是听到刘之干说他叔叔参与了密谋，他们本人并不能直接向审讯官证实刘泽清是他们的同谋。但刑部官员很快就提出了确实涉及刘泽清的新证据。经审问，刘泽清的继子刘继先供认，当刘泽清的侄子刘之干没有被清政府选为显赫的皇帝侍卫时，刘泽清便被激怒了。于是他派了一名家人给在曹县的刘氏宗亲带去了如下几句话：“我见虾子们烧肉役使，清国不会用人，国运不久了。”这个家人还给刘之干带去了一封密信，这封信刘继光和别人都不许看的。
刑部审讯官记起了女仆说过的那封刘泽清自己决定10月1日在京城起义的信，便再次提审刘之干，问他那时是否收到过他叔叔来的一封信。刘之干回答：“有一书信，装在合包内，失落了。书上言语，忘记了。”刘家其他人也证实刘之干收到过一封信，问题最后归到刘泽清本人身上。刘泽清的回答是：“原发家书二封，一封单与刘之干看。”审讯者追问信里写的是什么。“一封记得”，刘泽清坚持说。最后，审讯官向刘泽清出示了他被软禁时一名卫兵的口供。这位卫兵的口供说，他看到将军在一天深夜烧了一捆文件。这些文件如果不是某种犯罪证据又是什么呢？在反复审问下，刘泽清终于供认，他所焚烧的文件包括他担任明四镇之一的东平侯诰命。
这样，刑部审讯官颇有把握地得出了几点结论：第一，刘泽清确曾违敕派一名家人去曹县；第二，他送去了两封信，其中一封是保密的；第三，刘之干关于密信丢失以及忘记了信中内容的说法，审讯官认为难以相信。
又所烧书文，泽清供为明朝诰命，［然］我朝受命今已五载，早宜缴上，乃收匿至今，竟何意也？
第四是起因问题。其侄刘之干确实没有被选为侍卫，而从这两人之间互相联系的情况看，此事似乎就是导致密谋的关键；第五是来自榆园军本身的证据，即刘之干曾扮作僧人与复明分子接触；最后，从某些方面看来，所有定论中最令人痛恨的，是刘泽清傲慢而讽刺地评论清人为“虾子烧肉”，清廷审讯官严厉地以刘泽清自身的污点来抨击他的忘恩负义：
出猎之日，鼓勇争胜，获兽则燔炙共食，泽清随猎，此言是实。此言实，而刘继先所供之言皆真矣。
不过，不管多尔衮对刘泽清的谋反多么恼火，他还是充分意识到让刘泽清这样的汉族归顺者成为好像是满人无端猜忌的受害者而带来的政治风险。因此摄政王坚持由六部的满汉尚书、九卿侍郎以上官员来共议此案。刘泽清被正式宣判为曹县起义主谋。12月19日，他、他的侄子刘之干、李洪基和李化鲸，都被处决了。刘家剩余成员被逐出山东流放。
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1648年的回民起义</h2>
与山东这些事件同时，远在西部沿中亚边境一带，爆发了另一种叛乱：回民部族在甘肃和陕西西部反抗清朝统治。这场发生在1648年5月的回民起义的原因还不清楚。如前所述，一些历史学家认为中亚贸易的衰退引起了一场经济萧条，而这在明朝末期导致了回民反抗活动的不断高涨，许多回民参加了以李自成为首的大规模起义。经济利益与贸易特权是16世纪明廷与吐鲁番商人和统治者之间发生摩擦的一个主要原因。实际上，在明朝边地戍军与回民士卒之间为摆脱贸易法规的束缚而屡次发生冲突之后，16世纪20年代，吐鲁番军队曾袭击了甘肃走廊。在这些混乱过程中，尤其是在1513年吐鲁番征服哈密之后，上万的哈密回民逃入汉族居住区，在甘肃走廊的肃州、甘州和凉州这些地方居住。这些难民后来提供了一种与哈密的直接联系，这对1648—1649年的起义至关重要。在资源问题上，他们与旧居此地的汉人和回民之间争夺也加剧了。特别是当茶马贸易的衰退影响了回民生计的时候，到处都有盗匪活动。回民最普遍的姓氏“马”，这特别显示了他们在饲养马匹和商品运输方面的杰出作用。在李自成危在旦夕之时帮助过他的那个起义头领老回回，不过是边境诸多亡命之徒中最著名的一个。他们中的一些人，无疑由于明代后期驿站系统的缩减而不得已从事了盗匪活动（在1629年的经济措施中，1/3的驿卒被遣散，而这些人中许多就是回民）。反叛活动旷日持久，回民起义不断发生，直到明朝覆亡——平均每六、七年一次。
倘若西北的回回商人期待在清朝统治下贸易条件会有所改善的话，那么他们一定会大失所望。当时，与纳贡诸国的交往——以及此后与吐鲁番和其他中亚王国的贸易关系——由翰林院四译馆负责。清初四译馆主事为孙承泽（1631年北京进士），此人是明朝的都御史，他在多尔衮进京之后同意重任该职，兼太常寺少卿。孙承泽本人是否提出过贸易法规并不清楚，但礼部颁布的贸易法规肯定经过他的同意。这些法规仍然反映了早先明朝所贯彻过的类似的全面限制性贸易政策。清政府告知渴望贸易的喀尔喀蒙古人，商队不许通过北京以北长城一线的张家口和古北口。对吐鲁番使节，也再度实施早先在西部引起过战争的明朝旧规，并警告说违令者将受严惩。清政府还告知说，虽然允许吐鲁番商队在兰州从事贸易，但要置于最严密的戒备之下。而且，旧有的茶马贸易只许在汉族居住区界线外的原先明朝置立的马市里进行。
这些严格的贸易法规一方面体现了像孙承泽这样的前明官员的决心，他们决心重建曾作为明朝外交基石的限制性特权和控制通道的制度。另一方面，它们不仅反映了清人自己特别清楚的贸易特权对于野心勃勃的部落首领的战略意义，同时，它们还表现了多尔衮要担当在他父亲努尔哈赤兴起之前明朝在亚洲世界秩序里所曾具有的相同角色的决心。1646年7月，通过延请贡使，清政府既重建了明朝贸易体制以维持外盟秩序，又宣布了新天子对异邦附庸的至高权力。然而，不幸的是，这一决心的直接后果，却是不容置疑地引起了吐鲁番及其属地对清朝统治的反抗，也许还恶化了过去曾导致社会混乱和反叛的经济环境。
然而，明代后期回民叛乱愈演愈烈，并最终导致了1648—1649年起义，经济因素并不是它唯一的起因。部分地由于19世纪中叶在甘肃回民中发生的所谓“新教”叛乱，一些历史学家就认为回民与非回民之间的地方性冲突在明代已经加剧，到清代更加恶化了。还有更让人感兴趣的一种意见，认为宗教冲动导致了反叛，并可能是由好战的苏非派激起的。
甘肃西部起义回民中最著名的领袖是一个名叫米喇印的人。《甘州府志》说他“素桀黠”。他拉起队伍帮助地方官追杀李自成起义军残部。1648年5月，米喇印和另一位回民首领丁国栋发动了反清起义。这两个回民首领说服了前明延长王朱识