接到南阳急报，陈燮这才下令部队南下，随后开过来的山东兵，接管了开封城外的营地和十万民夫。山东兵的任务是继续修路和维护交通，确保清理一个地方，流贼彻底消失。
离开开封的时候，城内的官员出来送行，陈燮表示了感谢，喝了壮行酒。率部南下。与此同时，陈燮要求苏皓宸。清理黄河以北之后，派兵扼守要隘。不使流贼复入河南。骑马步兵的机动性发挥出来了，陈燮率部南下，不过五日，便进入南阳府。五万民夫一路往南修路，确保登州营的后勤。关键是粮食的运输，陈燮手里不缺粮食，怎么运到的问题。陈燮的计划是稳打稳扎，打下一片地方，清理一片地方，稳固一片地方。迟早把河南变成民军的禁地。别的不说，没了从贼的人口，看李自成怎么玩？这一招，其实没啥技术含量，但是够毒辣。有点三光政策的意思，我把人都给你弄走了，你还怎么玩？
这时候，陈燮的奏本也到了京师，如何剿贼的问题，朱由检着急打成商议。原则上陈燮还是五镇督师，只能指挥五镇的兵马。别看加了兵部尚书，各地的明军并不会听陈燮的号令。朱由检有心让陈燮来总领剿贼大局，但是朝臣都持反对意见。一些言辞激烈者甚至说，“陈阁部佣兵十万，朝廷不给饷银，今据河南，待贼事平，当何置之。”这是老调重弹了，但也有一个名正言顺的问题。实际上大明的官兵，真的都听朝廷招呼么？真这样的话，杨嗣昌就不会放过左良玉了。早砍了这货！
还有的官员则强调，陈燮这个东阁大学士，来的路数不正。阁臣这个东西，有他的潜规则。要进内阁，你就得是翰林出身。没有一个翰林的身份，像陈燮这样的人，你本事再大，文官也不会接受你作为一个内阁辅臣的身份。既然是潜规则，朱由检给陈燮一个东阁大学士的头衔，当初是有争议。但是皇帝力排众议，确定了这个事情。左右陈燮不是在京师任职，大家眼不见心不烦，这事情也没再坚持。
会议上，朱由检再次提出，让陈燮来主导全国的剿贼，取代丁启睿。这一次大臣们反应的非常激烈，纷纷认为这样不可。有人反对，就有人赞成。兵部侍郎杨廷麟就认为应该让陈燮来主持大局。然后就是吵架，互相喷口水，各自引经据典，比谁读的书多的时候到了。
最后还是周延儒出来和稀泥，他说：“贼迟迟不能靖，非思华不可竟全功。为长久计，可使丁启睿继续任督师一职。待时局变化，在论其他。”意思就是维持现状吧，让丁启睿去接任杨嗣昌的活。总而言之，话没说明白，还是要给陈燮的头上安排