江户川柯南最近这段时间一直在怀疑人生，四月份的时候，为了庆祝毛利兰在关东大会上比赛顺利晋级，他跟小兰去了多罗碧加乐园玩。在游乐园里，他偷看到了黑衣人和一个不明人物的交易，然后他就被另一个黑衣人用一甩棍打在了脑袋上，还被灌下了不明药物，等到他再次醒来的时候，他就发现自己竟然已经变小了！
好了，每年剧场版开头我们可以跳过省略了，总之，工藤新一自此之后化名江户川柯南，暂时居住在毛利小五郎家里，借着毛利小五郎的名头，开始一边查案一边追查黑衣组织的消息。
但是就算是他，也完全没有想到，在他刚刚打响毛利小五郎「沉睡的小五郎」名气的时候——毕竟从变小到现在才一个月——他居然遇到了一个冲着工藤新一来的犯罪分子。
老实说，这真的把江户川柯南吓了一大跳，此前的时候他解决掉案件，指认出犯人来之后，基本上犯人都被当场抓住了，谁知道这会儿居然有个犯人指名道姓地就要找工藤新一。
从没想到自己当侦探有朝一日居然可能会被人报复的天真少年江户川柯南本来是要愣住的，可是眼前就是过不了几分钟就会爆炸的炸弹，他哪里来得及多想，踩着博士新给他做的太阳能滑板一路猛冲，才及时地将炸弹丢到了河里，避免了人员和财物的损伤。
之后更是接二连三地被强行塞了线索过来，让他根本来不及思考那么多，只能全力以赴地一边解谜一边将找到的炸弹全都想办法丢到安全的地方。
然而他的行为还是有些太过莽撞了，最后一次将炸弹踢飞之后，他也被忽然才只飞高了十几米的爆炸直接给吹飞了出去，还撞到了头导致了昏迷，再次醒过来的时候甚至人都还在医院。
面对着目暮警部的「你怎么会在这里？」“不是说犯人要找工藤老弟吗？”“工藤君怎么会拜托你来处理这么危险的事情？”三连问，江户川柯南只能尴尬地打着哈哈。他哪里不知道自己，真要出了这么大的事情哪怕他远在天涯海角都得赶回来，怎么可能真的让个刚上小学的小孩子来处理这么危险的事情。
可「我就是工藤新一」这句话江户川柯南是怎么都说不出口的，无论是大人变成小孩子这种离谱的可能性有多少人真的会信，单纯就那个组织能神通广大到制作出如此不可思议的药物来的研究能力，都足够让江户川柯南怀疑对方在政府层面的影响力了。
如此危险的情况下，他又怎么可能将自己的身份暴露出来？他甚至都不敢去找武装侦探社求助，唯