之后，维希尼克来到了柏林和家人相会，一住就是十九年，还在那儿娶妻生子。他在柏林的生活非常苦，除了小家庭的生计之外，又必须负担父母及妹妹的生活费用。他待过邮购品工厂、保险公司、打字行、汽车工厂、地产公司，等等。在这么辛苦的情况下，他还利用傍晚时间在柏林大学选修东方艺术课程，并且和一些医生进行生物研究，同时也研读一般光学及特殊光学。他这番努力没有白费，最后终于完成了自己的一套系统——“以磁性光来显露显微镜下活生生的内部组织”。
本来犹太人生活在德国一直是平安无事的，纳粹党得势之后，反犹太风也渐渐兴盛起来。有一次，一位纳粹杂志的编辑因不知道维希尼克是犹太人而找他拍照，为的是要用显微镜来摄取纯种雅利安人（纳粹党人指具有日耳曼血统的人）的血清和犹太人的血清不同处在哪里。当维希尼克回答他，所有人种的血清都不会有什么大的不同时，这位纳粹党徒轻蔑地转身就走。这个征兆使他觉得自己的民族在这个国家的噩运就要来临了。在所有人都还心存侥幸，以为希特勒所扬言的要毁灭犹太人是夸大其词时，维希尼克就先天下之忧而忧地开始从事他这一生中最重要的使命——为自己的同胞照相。他感慨万千地回忆：
那时我就知道，只要希特勒一逮到机会就会把犹太人赶尽杀绝。而谁能来保护这些人呢？我晓得自己也帮不了忙，于是我下定决心，身为一个犹太人，我对祖先的责任，就是把祖先生于斯传于斯，而今受到威胁的同种民族，起码用照片保存下来。那是个即将消失的世界啊！
三十九岁那年，维希尼克开始着手他的艰难计划。他带着两架相机，一架是专门用来拍室外的罗莱6cm×6cm相机，一架专门用来拍室内的莱卡双眼小相机。他花了四年时间，行遍了波兰、匈牙利、捷克、拉脱维亚、立陶宛等国的所有犹太人社区。他的所有照片几乎全部是偷拍的，因为在那时，随时都可能因四处拍照而被逮捕。
维希尼克借编织品推销员的身份，来掩饰及解释他为什么尽去那些穷乡僻壤，并且用一个公事箱来隐藏他的装备。他宿在民房，吃在最廉价的餐馆。
有一回，在捷克的一个小村庄里，由于被警察看到他的相机，他被关进监狱达一个月之久。有关当局一再侦讯他，还检查底片是否泄露了军机。
由于他和家人的生活一直很拮据，经常会缺钱用，因此维希尼克还得定期回到柏林打些零工，等存款足够支付家人开销及自己的旅费时，才再度到东欧小国继续