“新一，你以后可千万不要再玩得这么刺激了。”
刚走出警局，阿笠博士便擦擦额头冒出的冷汗，心有余悸地叮嘱江户川柯南。
名为江户川柯南，却被阿笠博士称为新一的男孩点点头，同样神情凝重。
关于他的两桩失踪案终于都得以解决。
人不能踏进同一条河流两次，但是可以同时失踪两次。工藤新一想到这点，庆幸之余又觉荒谬好笑。
世界对他的恶意已经远远超出了寻常人类的认知范围。
这可不是他自大狂。无论向谁完整诉说他这三日来的经历，恐怕都没有人会相信。好吧，博士信了。
如果他不是当事人，也许还会帮忙推荐一下神经科的可靠医生。
多罗碧加，一切不合常理之事的。
自从他和青梅竹马的毛利兰一起在游乐园度过了相对美好的一天，周围的所有事件都开始急转直下，向工藤新一生动地展示了世界的神展开。
目击神秘黑衣人的罪恶交易现场，被银发杀手打晕后灌下不明药物，身体在剧痛中缩小……缩小，字面意义。
是的，工藤新一沦为了某种药物的小白鼠，从十七岁回到了七岁。
同时意味着，他也从十七岁的高中生，成为了只有七岁的小学生。
为了避免黑衣组织得知他幸存的真相，工藤新一不得不暂时放弃原本的身份。又因孤立无援，迫不得已向邻居阿笠博士求助，制造虚假身份，作为江户川柯南继续活动。
直到未来某天，他能够揭露黑衣组织的秘密，将他们彻底击垮。
然而摆在他面前的第一道难关，就是两桩失踪案。
江户川柯南，失踪。工藤新一，失踪。
甚至立案的时候江户川柯南这个胡编乱造的名字还不存在。
头疼。他就是工藤新一本人，但是非但不能主动证明这一点，还要帮着隐瞒真相。
他也是江户川柯南，如果不能顺利解决失踪案，警方不会放弃调查，随时会有身份暴露的危险。
两者都是他，他该如何以其中一个身份证明另一个身份的存在？
本来的他和现在的他。本我和自我，再往下就是弗洛伊德的领域了。
不是现在，真相不能在此时暴露在阳光下。走投无路又别无他法，只能听取阿笠博士的建议请求外援。
他自己作为江户川柯南现身，第一桩失踪案便不攻自破。再请他人假扮为工藤新一