接下来，秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府。
可是，万万没想到，尉迟恭拦住了他们。
尉迟恭再三争辩说：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”
于是诸将领停止了追杀。
最后，李渊颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。
朝堂之上的各项事务，都任凭秦王处置
而逃走的冯立和谢叔方看到李渊的诏书，都自动出来负荆请罪。
薛万彻躲起来以后，李世民多次派人去钟南山找他，告诉他不会降罪于他。于是他也出来了。李世民感慨地说：“这些人都能够忠于自己所侍奉的人，是义士啊”！便赦免了他们。
两天后……
太极宫
文武百官束手而立。李渊面南背北端坐龙椅之上。
一侧，小太监双手端着圣旨正在宣读。
奉天承运，皇帝诏，曰:自朕登基以来，凡军国重务，用人行政大端，未至卷勤，不敢自逸。绪应鸿续，夙夜兢兢，仰为祖宗谟烈昭缶，付托至重，端在元良。
秦王世民文治武功，心怀苍生。天意所属，兹恪遵初诏，载稽典礼，俯顺舆情，谨告天地，宗庙，社稷，授以册宝，立为皇太子，正位东宫，以重万年之统，以繁四海之心。
朕疾患固久，思一日万机不可久旷，兹命皇太子持玺升太极殿，分理庶政，扶军监国。百司所奏之事，皆由皇太子决之。
布告天下，咸使闻之。
一封册封圣旨洋洋洒洒一大篇。
文武百官此刻心境各有不同。
随着宣读结束，李渊又拿出一封册封诏书。
任命宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子。
高士廉与房玄龄为右庶子。
尉迟恭为左卫率，程知节为右卫率。
秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子冼马。
论及功劳，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。
李渊还特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。”并把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给了尉迟恭。
这一刻秦王府荣耀一时无两。
随着李世民入主东宫处理