，扬州，洪州，越州等地的摩尼教寺院，公元843年，又没收了长安，洛阳，太原等地的摩尼寺产业，焚毁经书画像，并在京城处决了72名僧侣。
当然，这一行动并不只是针对于摩尼教，主要是因为当时在位的唐武宗开始了灭佛运动，顺带打击了其他所有的外来宗教，比如说景教，拜火教等。
不过自从这次打击之后，摩尼教就再也没有在华夏地区公开传播过，同时因为那些外国的摩尼教徒随着回鹘摩尼教团远去西域，留在中原的摩尼教丧失了与他们的联系。
当武宗的灭佛运动打击到摩尼教的时候，一部分教徒逃亡到了当时藩镇割据的东南沿海地区，并转入了地下并借机彻底本土化，以明教的身份重新出现。
而明教也分成了两部分，少数的上层僧侣依托于佛道而生存，因为宋朝信奉道教的缘故，他们就称摩尼是老子的学生，因此作为道教的附庸获得了宋朝的许可与包容。
但大部分的明教徒融入了民间，并逐渐与下层民众的反抗活动结合在一起发挥其追求光明，发挥其追求光明，善良，简朴，友爱的道德观念，并宣称光明必将战胜黑暗。
同时，这一宗教还扎根民间，关心民生疾苦，扶危济困。凡是信仰明教的人吃菜不吃肉，教徒之间某人有事则会相互帮助，甚至还会修桥铺路，并在信众遇到官司纠纷时提供帮助。
这一时代的明教已经不像摩尼教那样悲观，激进，并基本本土化。同时在偶像崇拜，祭品，葬礼等方面都尽力向佛教和道教靠拢。
可惜的是，因为这一宗教崇尚光明的教育和在民间巨大的声望被当时的统治者和士大夫，僧人，道士所不容。他们污蔑明教为魔教，吃菜事魔加以严酷镇压。
这么一来，部分教徒就开始走向激进化，比如说方腊起义。再比如南宋时期各种各样的起义，而当时间到了元朝末年的时候，红巾军大起义中更是充满了明教信徒。
比如说红巾军的口号就是白莲花开，明王出世，弥勒降生。同时起义头领韩林儿就自命为小明王。至于红巾军用来做标识的红巾，实际上就是二百多年前方腊起事时所用过的。
甚至最后建立了明朝的朱元璋就曾经是一位明教徒，不过为了争取江南地区士大夫的支持，他背叛了自己曾经的信仰和忠诚，比如说在对张士诚檄文中就明确抛弃了白莲教和明教。
除此之外，他还在派遣廖永忠接应小明王韩林儿来应天的时候，在瓜洲渡故意将船凿沉韩林儿沉江而死。