轰炸后第二天，陈毅市长和潘汉年副市长怀着沉重的心情来到杨树浦发电厂，视察被炸情况，慰问受难群众，指示电厂争取在48小时内部分恢复发电。中共中央华东局和上海市军管会连夜开会，向中央汇报情况，研究防空和善后措施。大家感到痛苦，我们没有防空能力，目前无法遏制国民党飞机的空袭，只能采取被动的防御措施，尽量减少空袭所造成的损害。2月11日，《解放日报》发表社论《上海人民紧急动员起来，反对美蒋轰炸》，传达了华东局和市军管会的七条指示：
①加强电力管制和分配，保证主要的生产和公用事业用电。
②各家各户准备贮水的水缸水桶，以防自来水设施被破坏。修复或挖掘水井以备需要。
③加强防空。电力设施、车站、仓库等重点应予以伪装，居民挖掘防空壕和地下室。
④加强防火工作，组织消防队伍，准备灭火工具和用水。
⑤加强救护工作，医院不得以任何借口拒绝救助伤员，街道和单位组织救护队。
⑥加强治安工作，组织纠察队，严厉惩处乘空袭之机抢劫、破坏的罪犯。
⑦加强疏散工作，组织居民迁移到乡下或外地，减少民众不必要的损失。
“二六大轰炸”造成上海的电力设施损坏高达80%，给上海市区的工商业和人民生活造成了空前的灾难。轰炸导致市区工厂几乎全部停工停产，绝大多数街区没有电力供应，高层建筑的电梯因停电而悬在空中，许多商店关门停业，市场萧条，物价波动。由于自来水供应困难，市民的马桶、厕所都无法用水冲洗。国民党潜伏的特务则乘机大肆散布谣言，蛊惑人心，在郊区也有少数武装特务搞暗杀抢劫。为了打击国民党特务的破坏活动，稳定社会治安，上海市军管会于2月12日在《解放日报》上公布七条禁令：
①不准以各种信号指示匪机轰炸目标。
②不准以各种通讯方法向匪方供给情报。
③不准聚众骚动，扰乱治安。
④不准散布谣言，淆惑人心。
⑤不准纵火爆破劫盗或损毁国家财物。
⑥不准乘机伤害人民生命或抢劫人民财产。
⑦不准破坏交通及通讯设备。
违犯上述任何一条，均按情节轻重，处以有期徒刑或死刑。在潘汉年副市长的主持下，上海公安干部日夜奋战，查办了一批国民党特务案，狠狠打击了潜伏特务的破坏活动。
上海市军管会于2月