937年是石原人生的顶峰，二二六兵变中，他因为反应迅速，表现出色，于1937年3月晋升少将，并被任命为参谋本部作战部部长，统领整个军部。
但是九一八事变是日本近代史最成功的“下克上”行动。
石原莞尔成功后，加官进爵好不快活，于是后辈日本军人无不以他为榜样，不听国内和高层指挥，频频在各处发动“下克上”事件。
这是石原始料未及的，石原本来想的是满洲对日本很重要，拿下满洲后，就应该停止战争，因为消化满洲至少得二十年，否则以日本孱弱的国力，根本无力争夺其他领土。
但不听话的下属太多，九一八事变后，关东军把触角伸到中国华北，频频有所动作。
石原根本无法说服这些少壮派军官，理由很简单，石原就是“下克上”起家的，当年石原的上官也没能约束他。
最终七七事变爆发，将日本拖入了全面战争的万劫深渊，石原的官路也走到末途。
七七事变后，荣升参谋本部作战部部长的石原莞尔，在军部会议上康慨陈词，反对扩大战争。
他的下属们却是说道：“我们就是学石原先辈的做法，有什么不对吗”
石原哑口无言。
中日全面战争爆发后，主张不战的石原莞尔被排挤出中央。
1937年9月，他调任关东军参谋次长，当时的关东军参谋长是东条英机，两人不和。
后来东条升任陆军次长，没有推荐石原当关东军参谋总长，而是推荐他的亲信矶谷廉介接任。
后来石原还是整天提出各种奇思妙想，矶谷都不同意，终于暴脾气上来，不辞而别，直接回日本。
军队不是说辞职就辞职，况且还是少将，不辞而别跟临阵脱逃一样严重。
君子报仇十年不晚，东条英机与几个心腹商量后，想以“违反军纪，临阵逃脱”的罪名处分石原莞尔。
但石原的老搭档板垣征四郎已经担任陆军大臣，为了保护石原，借口他身体不好，安排进了医院。
1939年8月，石原莞尔晋升为中将，重新启用为驻守京都的第十六师团长。
十六师团常驻京都，没有驻外打仗，石原也就无所事事，再加上日本已经脱离了他的战略方向，他对政治和军事心灰意冷。
1941年，石原莞尔转为预备役，正式结束军人生涯。
讽刺的是，石原莞尔退役前，他的大名只在陆军内部有人知道，退役