宗也有意立皇三子为太子。这就在立太子的问题上引出了麻烦，按照宗法制：“有嫡立嫡，无嫡立长”，在皇后没有生育嫡子的情况下，应立庶出的长子做皇太子，明神宗自己当年就是因为这个原因获得皇位。王恭妃生的朱常洛是庶长子，自然也应是皇太子，群臣和李太后都支持立朱常洛为太子，可是明神宗不喜欢王恭妃母子，郑贵妃又总想立自己的儿子为太子，因此立太子的问题，迟迟不能进行。
这样围绕皇太子的册立问题，大臣们与皇帝斗了十五年，期间发生很多事情，大案迭起，政治斗争暗流汹涌。国本之争是万历一朝最激烈复杂的政治事件，共逼退首辅四人，部级官员十余人、涉及中央及地方官员人数三百多位，其中一百多人被罢官、解职、发配、梃杖，斗争之激烈可见一斑明神宗在大臣们一再的请求下允许皇长子读书，而且没过多久就长期辍读，险些让他成为文盲。
万历朝的皇太子位子还在那里空着，满朝文武呼吁尽快确立皇太子，以告天下百姓，明神宗就是不听。后来，李太后得知朝廷上下舆论纷纷，也十分同情善良的王恭妃，不得已亲自出面干预，质问明神宗：“满朝文武屡屡上表请求立皇长子为太子，你为何老拖着？”明神宗说道：“他是宫女生的。”李太后听罢此言，龙头拐杖往地上一捣，指着儿子大骂道：“别忘了，你也是宫女生的。”明神宗这才想起自己的亲娘原本也是宫女，也是被隆庆帝“临幸”后生下自己的，且是泥瓦匠之女，论出身，比王恭妃低贱更多。明神宗羞愧万分，无地自容，闭口无言，李太后开导儿子说：“王恭妃为朱家帝业留下了根苗，为大明江山社稷立下了功劳，你为何不封她为皇贵妃，她的儿子难道就不是你的儿子？”在李太后的力主和群臣的上疏劝谏下，他迫不得已立朱常洛为皇太子，同时封皇三子朱常洵为福王。
王恭妃被进封为皇贵妃后，不但没有享受到皇贵妃的优厚待遇，而且她深居幽宫，无人问津，处境更加凄苦。在这十余年中，王恭妃母子因受到明神宗的厌恶冷落，又被盛宠的郑贵妃视为眼中钉，饱受屈辱，各方面待遇极差，使尽各种手段排挤和虐待王恭妃母子。
王恭妃生下皇长子，理应进封为贵妃，但神宗就是不进封，好长时间王淑蓉的封号依然如故，再就是郑贵妃让王淑蓉母子同居景阳宫，不让她们与神宗见面，使皇帝逐渐淡化与皇长子的感情。不过作为母亲，王恭妃更在意的是自己的儿子，她对儿子的安全极为担心，一直到13岁母子还一同起卧。郑贵妃污蔑皇长子喜欢和宫女嬉戏，已不是处