终时，龙华民还没有赶到北京。利玛窦给龙华民写了一封信，交待了关于教会的事务。信的抬头写的是“中国传教团监督龙华民”，署名为“前监督利玛窦”，利玛窦去世后，他的耶稣会同伴庞迪我和中国朋友为他向皇帝上疏，为他争取到了位于城西二里的“滕公栅栏”作为墓地。
利玛窦的灵枢从宣武门教堂移至“滕公栅栏”，此时作为耶稣会中国教区新任负责人的龙华民神父，才有机会赶到北京，并且在他的指导下设计出中国第一座基督教的墓地，由龙华民主持了利玛窦的葬礼。作为利玛窦的接班人，龙华民对他的前辈是十分敬重的，对利氏的辞世，他说，这“使我们成了孤儿”，“他的权威和声望对我们所有的人来说，就是遮风挡雨之所，我们希望他在天堂里还能给我们更多的帮助”。
龙华民神父委派金尼阁赴欧洲，除了为耶稣会的图书馆募捐书籍外，金尼阁的一个主要任务是争取在一系列的问题上，在罗马方面求得最终的回答，其中包括中国教区的独立问题以及配备相应的人员与资金。
南京教难爆发时，龙神父正在各省教区巡视，听到消息后立即赶回北京设法缓解。徐光启、李之藻、杨廷筠、孙元化等著名人士，出于正义与奉教热忱，都站出来奋力保教，但未能阻止教难继续发展。最终，导致神父们从南京、北京及整个中国，在朝廷命令下被驱逐出境，仅少数几人避居各地朋友家中而获免。
万历帝驾崩，天启即位，天启帝接受朝中诸奉教官员的奏请，召回被驱逐的传教士，旨在利用西洋人以新法练兵抵御满洲人的入侵。于是龙华民与阳玛诺两神父，一同进入北京，去兵部报到。等到稍微稳定下来，因为声称对练兵一事不感兴趣，所以重归教区从事传教工作，并照常接待朝中官员及学者们的访问。从那以后，龙神父不再远离北京，一面在城中培育日渐增多的新教友，一面在4至10日路程范围内的地区开辟新教区。此时龙华民神父的年事虽高，但是他在传教的热心和虔诚上，丝毫未见衰退。
龙华民在山东建立了传教基地，此后每年去山东一次，由于后来需要在北京协助汤若望的工作，山东的传教工作基本上由李方西承担。后者离开山东后，此地的事务便交给了方济会的传教士利安当，他曾去山东济南府听受徐光启孙儿们的告解神工。在他接见的官员中，有异教徒数人改宗而入圣教，人们注意到他得到天主的特恩，既善于与学者们交往，又善于使他们归依而奉教。山东地方生活很辛苦，神父的粮食只是粟米与草根，而且都是未经煮熟的，