军考虑到延绥、榆林的明军出动后，城内空虚，便勾结黄台吉的妻子，命令他儿子舍达夫等人攻掠旧安边、砖井堡以牵制明军。哱承恩又以计谋集合叛贼兵力，埋伏在延汉渠，抢掠二百辆运粮的车子。
魏学曾从花马池回灵州，被叛贼包围，直至援军抵达后才获救，麻贵等数次攻城未能攻下，庆王妃方氏自尽，庆府的宫人、金帛被抢掠一空。朱秉忠在战斗中右腿负伤，于是明军再次撤回。此时，神宗听从兵部尚书石星的建议，赐给魏学曾尚方宝剑督战，允许他将“违者立斩”。正好宁夏巡抚朱正色、甘肃巡抚叶梦熊、监军御史梅国桢，大将刘承嗣、董一奎、李如松先后抵达，明军再一次攻城，仍连战不下。
起初，魏学曾、朱正色招降叛军大将刘东旸、许朝不成，使得所派使者叶得新骂贼遇害、曾总管宁夏军的张杰被扣压，神宗严词责备招安的计划。到这时，宁夏镇城中的百户姚钦、武生张遐岭用箭将一信射到城外，相约为内应，半夜点火为信号。火点后，城外的官军未到，叛贼将与姚钦同谋的五十余人杀死，姚钦逃奔明军大营。当时，叛军对外假意要求抚恤以缓兵，暗地里与盗匪勾结，然而粮食已吃完，形势更为不利。
魏学曾与叶梦熊、梅国桢定下计策，决堤引黄河灌城。此时，河套部落的卜失免、庄秃赖率三万骑兵进犯定边、小盐池，以铁雷为前锋，另派宰僧领一万骑兵从花马池以西的沙湃口进攻，声援哱拜。麻贵在右沟成功将其阻击，使其分路赴下马关及鸣沙州，魏学曾命游击龚子敬扼守沙湃口，征延绥总兵官董一元捣毁铁雷的巢穴，斩首一百三十余级，河套诸部大惊而走。
在沙湃口包围龚子敬，龚子敬战死，但叛军至此失去了外援。魏学曾增大坝水决口，黄河决口，大堤毁坏，又修治大堤，宁夏镇城外水深有八、九尺，东西城崩塌百余丈。著力兔、宰僧又进入李刚堡，被李如松、麻贵等击败并追赶至贺兰山，叛军更加害怕，要求和议，明军对是和是战悬而未决。
魏学曾招降刘东旸、许朝时，曾停驻固原十余日等待消息，被神宗责以玩忽职守。李昫渡黄河又稍迟，使得松山、河套诸部先进入，明军由是再次失利。魏学曾在平叛伊始，曾上疏要求监军不要参与兵事，神宗命梅国桢遵守，梅国桢对此颇为不满。其后，梅国桢弹劾诸将观望，并定魏学曾为“玩寇”罪。给事中许子伟也弹劾魏学曾为招抚所迷惑，耽误了国事。梅国桢又说佥事随府从城上逃下，叛军命令四个人下来捉拿，明军距离咫尺却不敢上前救援。而北边河套诸部数万人截断明