往下又分为三十六营，军官按三百六十七人计算，他们所用的掾史都是些老奸巨猾的人，邦华审查后把十多个人予以治罪，又颁布了一年考察两次的命令。从此那些坏人们都收敛起来了。
京营中马匹原有数额是两万六千，到这时只剩下一万五千了，别的官员办公事都可以借骑，总督、协理及巡视科道官，按惯例都有坐班马，不像话的人还要折价把马买走，所以营马损失很大。邦华首先把自己的班马减少了三分之一，别的官员来借马，不是公事不许他借骑，从此随便借出的少了。京营每年领取太仆银一万六千两，屯田籽银一千零六十两，犒赏官兵、制作器械、各种杂工的伙食费都从中开支，各级将吏无限制地讨要，每年的用度都不够。邦华建议，首先由协理每年支取一千四百两，总督、巡视官员依次递减，自此京营里的库银就宽裕起来了。
京营中将领三百六十人，随便由主管者负责增补，一个位置空下来，请托的人都纷纷来争。邦华全都回绝，实行按天考察成绩的办法，每个小营里各备一个功劳簿，每个月把各人所干的事情汇报给协理，以便确定优先。按原来的制度，三大营之外还另外设了三个预备兵营，每营三千人，军饷跟正营相似，但是不操练武艺，便成为有权势人家隐冒的宝地。邦华核减了四千多人，又裁减了一千老弱士兵，然后上书奏请将预备营归并进三大营，不再另设，从此兵政得到了很大改善。
仓场总督南居益说：“京营一年支取米一百六十六万四千多石，比万历四十六年增加了五万七千多石，应当减省下来才是。”邦华于是上书主张士兵以十二万为定额，粮饷以一百四十四万石为定额，每年减少了二十二万多石。崇祯帝也批复说可以，便写下了作为定令。崇祯帝了解邦华为人忠诚，对他的奏请无不答应，邦华也感激崇祯帝对他的信任，所以大胆革新，不顾后患。那些失利的人对邦华怀恨入骨，对他的怨言、诽谤也逐渐多起来了。
京城郊区受到攻打，邦华选派了三千精兵去守卫通州，两千精兵去增援蓟州，自己亲率各路部队驻扎在京城外边，军容浩大。不久，朝廷传令让邦华的部队撤回来看守女墙，于是哨探不敢远出，内外消息就中断了。邦华这时请朝廷防备土匪，缉捕间谍，解散不法团伙，严禁传播谣言。自从接到战警，邦华衣不解带，严兵待敌，捐款出来制造炮车及各种火器，又因为京师外城兵力单薄，自请出守，可是那些不得志的家伙捏造了流言蜚语，传入宫中。
襄城伯李守锜总督京营，也恨邦华压过自己，这时乘机诋毁