贤很赞赏他的建言，立即上奏实行。
英宗喜欢彭时的风度，在选取庶吉士时，命令李贤全部任用北方人，南方人一定要像彭时那样，才可任用。李贤对彭时说起这事，不久宦官牛玉宣读圣旨，彭时对牛玉说：“南方之士出于彭时之上的不少，怎能压制他们？”过后，选了十五人，南方人有六个在其中。锦衣卫指挥使门达陷害李贤时，英宗受到蛊惑，说：“罢免李贤，那将专用彭时了。”有人传出这句话，彭时大为吃惊，说：“李公有经世济国之才，怎可罢去？”极力为其申辩，并放言：“如果李贤被罢去，彭时不能独留。”英宗听到这话，对李贤的怒意才稍稍消解。
英宗病危，口述遗诏，包括确定后宫嫔妃的名份、不用嫔御殉葬等四件事，交给阁臣润色。彭时读完后，涕泪流下，抑制不住悲怆之情，宦官回来复命后，英宗也为之流涕。宪宗即位，彭时拟好两宫太后的尊号上呈，宦官夏时希求宪宗的生母周贵妃的旨意，说英宗原配钱皇后久病，不当称太后，而贵妃是宪宗生母，应该独上尊号。李贤说：“遗诏已有规定，何用多言？”彭时说：“李公的话很对。朝廷所以能够服天下，就在于正纲常。如果不这样，那将对圣德有不小的损害。”
过了一会儿，夏时又传出周贵妃的旨意说：“子为皇帝，母应为皇太后，难道有没有儿子却被称为皇太后的例子吗？宣德年间有过惯例。”李贤闻言，脸色骤变，看着彭时。彭时说：“今日之事与宣德年间的不同。胡皇后上表让位，退居别宫，所以在正统初年没有给她加尊。如今名分俱在，怎能相比？”夏时说：“即是如此，你们为何不起草让位的表文？”彭时说：“先帝在世时没有实行，现在谁敢起草？如果做人臣的曲意顺从，那将是万世罪人。”夏时厉声警告。
彭时拱手向天说：“太祖、太宗神灵在上，谁敢有二心？钱皇后无子，臣能谋到什么利益而为她争？臣所以不忍沉默，不过是想保全皇上圣德而已。如果皇上推及大孝之心，就应将两宫并尊为太后。”李贤也极力陈述，才定下此事。待到献上宝册时，彭时说：“两宫同称太后就没有分别，钱太后宜加两个字，以便称呼。”于是尊钱氏为慈懿皇太后，周贵妃为皇太后。
过了几天，宦官覃包到内阁说：“皇上的意思本也是这样，但迫于太后，不敢做主，如果不是二公力争，几乎误了大事。”之前，阁臣陈文沉默不语，听了覃包的话后，颇感惭愧。礼成之后，彭时升为吏部右侍郎兼翰林院学士，并负责经筵事务。同年，宪宗命会昌侯孙继宗为监修官，彭时