百余年的战争局面，使蒙明边界呈现出一派和平繁荣的景象。俺答汗向部属宣布和平，表示与明朝世世友好，永不相犯，俺答汗建立蒙古大明金国，自称俺答汗，自此明蒙边境数十年无大冲突，通贡互市加强了漠南蒙古草原与明朝的经济文化联系。
在“俺答汗封贡”之前，为了突破明朝的经济封锁，解决单纯游牧经济难以自给自足的问题，俺答汗决定在土默川发展农业生产，他采取措施，引进农业技术，开垦耕地，种植黍、糜、谷等作物。同时这里的手工业也逐步发展起来。随着经济的发展，俺答汗决定模仿失去的大都修建新的城市，新城建成，被亲切地称作“库库和屯”，意为“青色的城”，后来库库和屯城逐渐成为蒙古草原政治、经济、文化的中心。
在元朝，西藏萨迦派佛教首领八思巴担任帝师，代表元朝管理西藏，元亡后，蒙藏联系基本中断。俺答汗为提高自己的政治地位，谋求与西藏宗教领袖建立密切联系。阿勒坦与格鲁派藏传佛教领袖索南嘉措在青海湖畔的仰华寺举行会谈，蒙古正式接受了格鲁派藏传佛教，俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”称号，“圣”即超凡之人；“识一切”是藏传佛教对在显宗方面取得最高成就的僧人的尊称；“瓦齐尔达喇”是梵文，意为“执金刚”，也是藏传佛教对在密宗方面取得最高成就的僧人的尊称；“达赖”是蒙语大海之意；“喇嘛”是藏语上师之意。索南嘉措得到了达赖喇嘛的称号，他又向上追认了两世，自称三世达赖。索南嘉措赠给俺答汗“咱克喇瓦尔第彻辰汗”称号，“咱克喇瓦尔第”是梵文，意为“转轮王”；“彻辰汗”是蒙古语，意为“聪明睿智之汗王”，蒙藏关系在新的历史条件下重新建立起来了。
此后，格鲁派藏传佛教在蒙古地区广泛传播，俺答汗从西藏请来许多喇嘛翻译佛经，库库和屯成为喇嘛教活动和翻译佛经的中心。格鲁派藏传佛教给蒙古社会带来了宗教文化知识，如天文、历法、藏医、建筑、艺术、宗教哲理等知识，对于丰富和发展蒙古族文化起到了显著作用。自宣德年间开始蒙古各部开始南迁，至嘉靖末年最终形成了漠南蒙古各部，其中经历了兀良哈三卫南徙、北虏入套、左翼蒙古南迁这三个阶段。
嘉靖朝，漠南蒙古出现了一支强大的势力，那便是土默特部的俺答汗，他虽然不是蒙古大汗，但是却让蒙古大汗十分畏惧，他所统领的军队虽然只是漠南蒙古的一部，但其战斗力足以让整个明军胆战心惊。也正是他，在嘉靖朝中叶，带领蒙古军队围困了仅有羸弱士兵防守的京