周孔教，字明行，号怀鲁，明代临川河东乡人。聪明颖异，才思敏捷，赋诗作文，时有佳句，进士及第，历任福建省福清县知县，浙江省临海县知县，浙江道御史，河北、河南巡按，直隶学政，太仆寺少卿，以右佥都御史巡抚应天等职，累官至总督河道右副都御史。一生爱国为民，受到万历皇帝的嘉奖和苏州百姓的崇敬。
福清县和临海县都是沿海地区，有钱有势的人较多且都横行霸道，日本海盗经常来骚扰并杀人越货，两者相加为患不少，百姓无法安生，外出逃难者与日俱增，此两县素有难治县之称。周孔教上任后，通过深入的考察调查，先是采取军民联防等强有力的措施，狠狠打击日本海盗，很快平息了海寇。接着又以法治县，抑制豪强，从严惩处违法乱纪者，并鼓励和支持百姓恢复、发展生产，稳定了局势，促进了经济，难治县成为富裕县，也因此被提升为监察御史。
青海火落赤部部落连续进犯甘肃兆州、河州等地，明兵大败，震惊朝野，万历帝紧急召开阁臣会议，商讨对策。宰相申时行等人不仅千方百计隐瞒战败事实，还竭力辩解，力主和议，当时周孔教正任直隶巡按御史，他上书万历帝，痛斥和议派的观点，揭露甘肃、陕西两地巡抚的无能失职罪行，要求朝廷派精锐兵将收复失地，粉碎火落赤部的扩张阴谋，周孔教的建议得到满朝文武的拥护，也被万历帝采纳。
日本国的关白丰臣秀吉，率兵10万侵略朝鲜，通过釜山，很快占领平壤，朝鲜全境几乎被攻占。朝鲜国王李昖派使者向明朝告急求援，但宰相赵志皋力主和议，兵部尚书石星也由主战转而倡导和议。这种奴颜屈膝的议论一传开，立即引起有民族自尊心的臣民的强烈反对，周孔教就是其中的代表之一。
周孔教在河南道御史任上，给万历帝上书，极力反对赵志皋、石星等人丧权辱国的封贡和议主张，他指出：“今日倭情，不封固变，封亦变，唯有守朝鲜为上策。”进一步阐明中朝唇齿相依的关系道：“朝鲜失，则辽阳危；辽阳危，则京师震矣！”并请求万历帝对倡议封贡的赵志皋、石星等大臣进行严肃惩处。周孔教爱国主张得到满朝文武大臣的称道，万历帝也给予嘉奖，晋升周孔教为太仆寺少卿，巡抚应天。
江南出现严重水灾，绝大部分作物都颗粒无收，百姓生活受到影响，当时周孔教正任应天巡抚，他一方面带领灾民修复水毁堤坝，并积极开展生产自救，一方面上奏朝廷要开仓赈灾并停止织造、加派税收等。由于周孔教的积极抗灾措施得当，他所管辖的苏州灾情虽重