粒之收，虚出百十亩税差的不均之事，决定重新清丈土地，规定赋税负担。这样，淳安农民的负担有所减轻，不少逃亡民户又回到故乡，除清丈田亩、均平赋役外，海瑞在淳安还推行保甲法、明断疑难案件、兴办社学，等等。
海瑞生活节俭，他穿布袍、吃粗粮糙米，让老仆人种菜自给，浙江总督胡宗宪还曾将海瑞为母亲做寿而买肉二斤的传闻讲给别人听。一次，胡宗宪的儿子路过淳安县，向驿吏发怒，把驿吏倒挂起来，海瑞说：“过去胡总督考察巡视各部门，命令所路过的地方不要供应太铺张，现在这个人行装丰盛，一定不是胡公的儿子。”海瑞遂将其随带金钱没收，并派人乘马将此事报告胡宗宪，胡宗宪亦未将海瑞治罪。
严嵩的党羽、都御史鄢懋卿出巡两浙、两淮盐政，一路贪污勒索，海瑞设法与之斗争。鄢懋卿过境淳安时，海瑞不仅提供的酒饭十分简陋，还高声宣言县衙狭小不能容纳众多的车马，鄢懋卿十分气愤，然而他早就听说过海瑞之名，亦只得收敛威风而离开。事后鄢懋卿嘱咐巡盐御史袁淳，治海瑞和慈溪县霍与瑕的罪。霍与瑕，是礼部尚书霍韬的儿子，也是坦率正直不谄媚鄢懋卿的人，海瑞虽无可指摘，但后来还是因此失去升任嘉兴通判的机会，赴吏部另听调遣。
在朱衡的帮助下，海瑞调任兴国县知县，到任后海瑞着力清丈土地，在任上并曾撰写《兴国八议》，其中心是革除积弊，安定人民生活，后被选拔为户部云南司主事，赴任北京。朱厚熜晚年，不在朝堂处理政务，深居西苑，专心设坛求福。总督、巡抚等边关大吏争着向皇帝贡献有祥瑞征兆的物品，礼官总是上表致贺，朝廷大臣自杨最、杨爵获罪以后，没有人敢说时政。海瑞在棺材铺里买好了棺材，并且将自己的家人托付给了一个朋友，然后向世宗呈上《治安疏》，批评世宗迷信巫术，生活奢华，不理朝政等弊端。
明世宗读了海瑞的《治安疏》，十分愤怒，把《治安疏》扔在地上，对左右侍从说：“快把他逮起来，不要让他跑掉。”宦官黄锦在旁边说：“这个人向来有愚名，听说他上疏之前，自己知道冒犯该死，买了一个棺材，和妻子诀别，奴仆们也四处奔散没有留下来的，他自己是不会逃跑的。”明世宗听了默默无言，过了一会又读海瑞的上疏，一天里反复读了多次，感到叹息，只得把《治安疏》留在宫中数月，曾说：“这个人可与比干相比，但朕不是商纣王。”
世宗生病心情郁闷，召来内阁首辅徐阶，议论禅让帝位给皇太子的事，世宗说：“海瑞所说的都对，朕已经