疗技术方面，王肯堂记述了肿瘤摘除术、甲状腺切除术，肛门闭锁症的肛门成形术、耳外伤缝合再植术、骨伤整复手法与手术等，并对这些手术的消毒方法、手术步骤和护理技术都进行了十分详细的描述。
角膜溃疡的认识就极为准确，为前人所不及，从发病开始。到发展、转归，预后，痊愈和后遗症都有详细描述：更令人叹为观止的是，王肯堂对眼底出血的生动描述。在没有眼底镜和任何辅助检查的情况下，把眼底病的自觉症状和征象进行了详尽的描述，为眼底疾病的诊断治疗作出了很大贡献。在论述珠中气动证时把眼底出血的动态过程都描绘的淋漓尽致：“视瞳神深处有气一道，隐隐袅袅而动，状若明镜远照，一缕消烟也。患头风痰火病。郁久火胜抟激，动其络中真一之气，游散飘耗，急宜治之。动而定后光冥者，内证成矣”。王肯堂还提出用拔治法治疗瞳神反背，对青光眼也颇有研究。
王肯堂，是一位全面发展的著名医学家，他的《证治准绳》是集明代以前医学之大成的不朽巨著，近现代中医眼科学家都认为《证治准绳》有关眼科的内容具有划时代的意义。