京城时，将士和百姓拦轿挽留，送行的人多的堵塞了道路。
明初曾设漕运使，后又建立粮长制度，负责漕粮的征收和解运，称“民收民解”，滕昭在总督漕运时，他发现运输手续复杂，管理混乱，官员虐待事件经常发生甚到虐待至死，他通过调查和多方征求意见，审时度势地制订了“长运”法，报朝廷批准实施。“长运”法简化了运输手续，减轻了百姓的负担，因不用转动而节省了时间，同时也避免官员虐待漕卒的事件发生，因此，“兵民皆得苏息”。因督办漕运有功，于成化五年召还京城都察院理院事。
福建加上外受倭寇侵扰，内有农民起义不断，天灾人祸更重，朝廷建议，派大臣到各地赈灾，因滕昭曾巡按福建，对那里情况熟悉，就命滕昭为福建巡抚总揽福建军务。福建百姓闻清官滕昭来闽，如获父母，夹道欢迎。滕昭到福建后查看灾情，打开官仓赈济灾民，并将贪官绳之以法，滕昭在福建还未回京，朝廷又命他巡抚苏松。
宪宗晚年对大臣不信任，把时刻陪伴在自己身边的太监当亲信，常常派出太监监视大臣们的行动，由于汪直聪明伶俐，明宪宗就派他主持特务机构西厂，监视大臣们的行动，汪直出马办的第一件大事就是扳倒南京镇监覃力朋。覃力朋后来疏通关节后得以幸免，而宪宗则由此认为汪直能够发现奸臣，秉公执法，于是对他更加青睐。
汪直此后屡兴大狱，很快内阁大学士商辂与万安、刘珝、刘吉等上奏其扰乱朝政，要求杀掉汪直。在群臣的压力下，宪宗不得不稍稍压制汪直的权力，但是不久之后就又恢复其全权。滕昭以前告发过汪直，因此被罢黜，这年滕昭56岁，面对突来其祸，滕昭没有向皇帝求情，更没向汪直认错，而是从容收拾行装，回老家种田。
汪直暗中派人监视滕昭，没发现滕昭有什么对自己不利的言行，皇帝对滕昭无怨无悔的做法和豁达的品格也格外敬重，准备重新启用。滕昭因病医治无效死在病床上，死前给皇帝上书，要求死后埋在祖坟，滕昭的死讯传到中央，宪宗皇帝闻讯非常悲痛，派内侍来汝州宣谕在其家中设灵堂祭奠，由礼部安排葬事，选择吉日安葬。