与李贤、陈文担任总裁官，开始编修《明英宗实录》。
内阁首辅陈文去世，彭时接任首辅，钱太后去世，周太后不愿钱太后与英宗合葬，宪宗命太监夏时与怀恩召集辅臣，商议钱太后的丧葬事宜。彭时首先进言：“钱太后与先帝合葬裕陵，神主祔入太庙，这是先帝的遗愿，早已定了的事，还有什么可议的？”
次日，宪宗再召彭时等重议此事，彭时仍坚持前议，宪宗说：“朕难道不知道你说的这些吗？朕只是担心钱太后一旦入葬，就会使母后难与先帝合葬。”彭时回答：“皇上对两宫太后都非常孝顺，圣德广为传闻。合乎礼仪，便能成全孝义之名。”内阁重臣商辂及大学士刘定之也相继劝说宪宗。宪宗说：“连母亲的命令都不听了，还能算孝顺儿子吗？”彭时向宪宗建议：“可以将钱太后葬于先帝之左，虚右位以待周太后将来。”
随后，彭时与商辂、刘定之联名上疏说：“太后作配先帝，正位中宫，陛下尊她为太后，下诏宣示天下。先帝全夫妇之伦，陛下尽母子之爱，都得大义。现在太后梓宫应当合葬裕陵，她的神主应当附祭太庙，这是无可更改之礼。近来听说要另择地埋葬太后，臣等实是心怀疑惧。我们私下以为陛下之所以迟疑，是因为考虑到当今皇太后万寿之后，应当与先帝同尊，因此担心二后并配先帝，不合祖宗之制。但考之古代，汉文帝尊生母薄太后，而吕后仍附祭长陵。宋仁宗追尊生母李宸妃，而刘后仍附祭太庙。现在如果陵庙之制稍有不合适，则会有背前人之美，受后人讥笑。”吏部尚书李秉、礼部尚书姚夔等九十九位廷臣也同意钱太后与英宗合葬。
宪宗仍担心违背周太后的意志，此后更发出为钱太后另择葬地的谕旨。姚夔等两百余名朝臣一起伏在文华门哭请，宪宗下令群臣止哭退去，群臣叩头拒命，声言：“不得到钱太后合葬的旨意，绝不敢退下。”自巳时跪至申时，宪宗与周太后无可奈何，这才听从了彭时等人的建议。
彗星出现于三台，彭时等人说：“外廷大政固然应当先处理，宫中根本尤为至急。谚语说‘子出多母’。现在嫔嫱众多，却没有怀孕的先兆。这一定是陛下爱有所专，而专宠的人已过了生育年龄的缘故。望陛下均恩爱，为宗社着想。”当时宪宗专宠万贵妃，而贵妃年已近四十，所以彭时这么说，他又说：“大臣黜退，应该由陛下决定，或者集中群臣商议，不可都交给臣下，使大权旁落。”宪宗虽不能听从，但心中称赞他的忠诚。
西北土官满四率众起事，自署“招贤王”，数月即聚众数万，关中