“……科臣周希令议费四五百万金以固金汤，而科臣沈应时亦亟议筑起边城为山海屏蔽，臣核道、镇估工计费，谓湏银百万，盖并造衙舍、筑铳台、建营房之费尽入估数。”“臣尝谓必有复全辽之力量，而后可复广宁，必有灭奴之力量，而后可复全辽。不然启无巳之争，遗不了之局，而竭难继之供，不可不虑。”他发现山海关关城本身存在重大的隐患，建议修重城，重城修好以后，山海关关城才真正能成为雄关天险，极具战略目光。
朝廷发帑金20万两，他的主张遭到宁前兵备佥事袁崇焕、主事沈棨、赞画孙元化等的反对，袁崇焕要求修筑到二百里之外的宁远，但王在晋不听。袁崇焕两次直接将意见报告给首辅叶向高，但叶向高不知前线的情况，拿不定主意。这时大学士管兵部事孙承宗自请行边，亲赴山海关，帝大喜，特加孙承宗太子太保，赐蟒玉、银币，以示隆礼。孙承宗回京后，面奏王在晋不足任，“笔舌更自迅利，然沉雄博大之未能”，改任南京兵部尚书，不久辞职。
王在晋由原南京兵部尚书，被任用为南京吏部尚书，不久又改任南京兵部尚书。崇祯召为刑部尚书，不久，又迁兵部，任内对孙承宗加以抨击。后因坐张庆臻改敕书事，削籍归乡，卒于乡。