病了很长时间，怎能临朝听政。”又说：“朕确实不自谨，导致身体多病。如果朕能够在偏殿议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？”遂逮捕海瑞关进诏狱，追究主使的人。狱词送上后，仍然留在宫中不发布，户部有个司务叫何以尚的，揣摩皇帝没有杀死海瑞的心意，上书陈请将海瑞释放，世宗大怒命锦衣卫杖责何以尚一百大棒，关进诏狱，昼夜用刑审问。徐阶力救海瑞，有阁臣主张对海瑞处以绞刑，被徐阶和刑部尚书黄光升压了下来。
世宗驾崩，提牢主事听说了这个情况，认为海瑞不仅会释放而且会被任用，就办了酒菜来款待海瑞，海瑞自己怀疑应当是被押赴西市斩首，恣情吃喝，不管别的。主事因此附在他耳边悄悄说：“皇帝已经死了，先生现在即将出狱受重用了。”海瑞说：“确实吗？”随即悲痛大哭，把刚才吃的东西全部吐了出来，晕倒在地，一夜哭声不断。裕王朱载垕继位，年号隆庆，奉先帝世宗遗诏，赦免了以海瑞为代表的所有谏言诸臣。海瑞被释放出狱，官复原职，不久改在兵部任职，后来调大理寺任职，提拔为尚宝丞。
徐阶被御史齐康所弹劾，海瑞上言说：“徐阶侍奉先帝，不能挽救于神仙土木工程的失误，惧怕皇威保持禄位，实在也是有这样的事。然而自从徐阶主持国政以来，忧劳国事，气量宽宠能容人，有很多值得称赞的地方，齐康如此心甘情愿地充当飞鹰走狗，捕捉吞噬善类，其罪恶又超过了高拱。”人们赞成他的话，海瑞被调往通政司，历任左通政、右通政之职。
海瑞升调右佥都御史，外放应天巡抚。辖区包括应天、苏州、常州、镇江、松江、徽州、太平、宁国、安庆、池州十府及广德州，多为江南富庶的鱼米之乡。属吏害怕海瑞的威严，贪官污吏很多自动辞职，有显赫的权贵把门漆成红色的，听说海瑞来了，都改漆成黑色的，宦官在江南监督织造，见海瑞来了，就减少车马随从。
海瑞兴利除害，请求整修吴淞江、白茆河，通流入海，百姓得到了兴修水利的好处。海瑞早就憎恨大户兼并土地，全力摧毁豪强势力，推行“一条鞭法”，安抚穷困百姓。贫苦百姓的土地有被富豪兼并的，大多夺回来交还原主，深受百姓的爱戴，叫他“海青天”。
徐阶被罢免之后在家中居住，海瑞追究徐家也不给予优待，推行政令气势猛烈，所属官吏恐惧奉行不敢有误，豪强甚至有的跑到其他地方去躲避的。而有些奸民多乘机揭发告状，世家大姓不时有被诬陷受冤枉的人，又裁减邮传冗费，士大夫路过海瑞的辖区大都得不到很好地张罗供