面赐给方孝孺绯袍、腰带，但还是戴着布衣头巾，令他到礼部赴宴，又命同姓里的宗伯亲友陪席，同时暗中派人观察他的言行举止，而方孝孺竟然巍然端坐上席不动。皇上说：“这个人为何如此倨傲”因此不留他在朝中任职，使他外派为蜀王府教授，回头又告诉懿文太子朱标说：“有一个最佳儒士被我发现了，将来要辅佐你，如今我先把他寄在蜀王府那儿当个教席，其人个性刚烈倨傲，我现在先压服他、抑制他，等你临朝时再用他，定会得其大力辅助之功哪。”
建文帝即位后，将方孝儒招至南京，委以翰林侍讲学士之职，建文帝年纪尚轻，缺乏治国治军的本领，因方孝儒是他的老师，更受到百般信赖和倚重，“国家大事，辄以咨之“。自此，方孝孺成为建文帝最亲近的大臣，他也视建文帝为知遇之君，对建文帝赤胆忠心，全力扶持。建文帝继位后，害怕他的叔叔们王权过大，拥兵为患，就采用齐秦、黄子澄的削藩建议，但遭到以燕王朱棣为首的诸王的反对，于是方孝儒替建文帝起草了一系列征讨燕王的诏书和檄文。
朱棣从他的侄子建文帝手中，成功地夺取了皇位，如愿当上了皇帝，建文帝不知所终，建文朝的遗臣们面对旧君新主，也都做了不同的选择。有的自杀殉难，有的投身新主，还有一些大臣退隐山林，从此销声匿迹。朱棣夺位后，首先做的就是对那些曾经反对他的人进行疯狂的报复，无所不用其极，他对建文朝不肯与自己合作的大臣们进行了一次大清洗，其中方孝孺便在其中。
朱棣起兵前，谋士姚广孝对他说：“朝中有个叫方孝孺的，学问很高，而且很有德操，将来殿下夺取天下，他一定不肯归附，不过殿下千万不要杀他，杀了他，天下读书人的种子就灭绝了。”朱棣占领南京后，方孝孺果然不肯归附，朱棣于是将其投入狱中，几天后，朱棣准备正式登基，让方孝孺为他拟写登基的文告，方孝孺坚决不从，朱棣派方孝孺的学生廖镛、廖铭二人前去劝说，反遭一顿痛斥。
无奈之下，朱棣只好派人强行押解方孝孺上殿，方孝孺当时穿着一身丧服，在大殿上嚎啕不已，朱棣命卫士强行撕去方孝孺的丧服，换上朝服，之后强压怒火，亲自劝解方孝孺说：“先生不要难过了，朕本来是要效法周公辅佐成王的。”方孝孺立即反问道：“成王在哪里”朱棣说：“他自焚死了。”方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子即位”朱棣说：“国家要依赖年长的君主来治理。”方孝孺再问：“那为什么不立成王的弟弟为帝”朱棣语塞，只好说：“这是朕的家事，先生不必过多操