朝以后，梁储于是礼让而位居廷和之下，不计较官位之高低。
正德帝听从江彬谗言，想遍游塞上，于是借口边关危紧，命令总督军务威武大将军总兵官朱寿统率六师前往，但是阁臣们都不赞同。梁储、毛纪泣谏，百官也哭谏，可正德帝就是要一意孤行。不久毛纪也称病不上朝。“储独廷争累日，帝竟不听。”后来，正德帝又“以‘大将军寿’肃清边境，令加封‘镇国公’。”梁储、毛纪上疏道：“公虽贵，人臣耳，陛下承祖宗业，为天下君，奈何谬自贬损。既封国公，则将授以诰券，追封三代。祖宗在天之灵亦肯如陛下贬损否？况铁券必有免死之文，陛下寿福无疆，何甘自菲薄，蒙此不祥之辞。名既不正，言自不顺。臣等断不敢阿意苟从，取他日戮身亡家之祸也。”说得入情入理，可是正德帝置若罔闻，巡幸宣府、大同，直到延绥，梁储等上疏十余章，正德帝都置之不理。
朱宸濠见武宗整日游嬉，朝政荒废，认为有机可趁，与都御史李士实、举人刘养正等加紧密谋，不轨事迹败露，遂决定叛乱，称奉太后密旨，令起兵入朝，集兵号称10万。面对宁王宸濠的造反，正德帝却想借此事显示天子威仪，顺便再到江南取乐，便下旨御驾亲征，命阁臣草敕，大学士杨廷和、蒋冕皆引疾，正德帝便叫梁储草敕，梁储深知其真实意图，不肯奉命，还力劝皇帝取消亲征。正德帝虽然大为恼火，却也知道梁储的忠诚之意，只好掷剑悻悻而去，如此逆龙鳞，确实是大大的不敬，可是面对武宗如此荒唐的行为，也只好冒死进言，敢于剑下冒死进言，确实需要大无畏的勇气，由此可见梁储刚正的性格。梁储虽然曾经是武宗的老师，可武宗的荒唐是众所周知，不会顾念往日的师长之情。
宗室秦王贿赂武宗的近侍江彬、钱宁、张忠等，请赐关中闲地作牧场，武宗不顾群臣反对，轻率允诺，并命令阁臣起草赐地文书。杨廷和与另一宰辅蒋冕称病不上朝，武宗非常生气，一再催促，梁储知道逃避拖延并非良策，便改变进谏方式，亲自起草敕文，巧妙地把太祖的有关禁令和秦王索地的心计和盘托出：“大学士杨公当草制，念曰，若草制恐贻后悔，不草又恐忤旨，遂引疾。……大学士蒋公亦引疾。公曰如皆引疾，孰与事君。上震怒，内臣督促草制。公承命草曰，制曰：‘昔太祖皇帝著今日此土不畀藩封，非吝也。念此土广且饶，藩封得之多畜士马，富饶而骄奸人，诱为不轨不利。宗社今王请祈恳笃，朕念亲亲其升地于王，王得地宜谨，毋收聚奸人，毋多畜士马，毋听狂人劝为不轨，震及边方，危我社稷。是时虽念