化，决心充分利用这次难得的机会整肃官场，以便夺回部权、扭转衰败的风气。
为平息舆论异议、避免党争恶名，孙鑨的外甥吏部文选司员外郎吕胤昌、赵南星的姻亲都给事中王三余首先被斥黜。之后开始大举裁汰不合格者和关系户，其中包括大量内阁举荐的私人，“一时公论所不予者贬黜殆尽”。赵南星等人破坏成例的激进手段虽然大快人心，但也引发了王锡爵为首的既得利益集团的反弹。言官以拾遗弹劾吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄。以上三人皆为京察力推的人选。
孙鑨上疏力保虞淳熙和杨于庭，仅同意将袁黄免职，趁着有利时机，刑科给事中刘道隆在内阁授意下，弹劾吏部“曲为解说，仅议一袁黄而止，非体”。神宗下旨切责，孙鑨再度自辩：“淳熙，臣乡人，安贫好学。于廷力任西事，尚书石星极言其才。今宁夏方平，臣不敢以功为罪。且既名议覆，不嫌异同。若知其无罪，以谏官一言而去之，自欺欺君，臣谊不忍为也。”
神宗以为孙鑨等人结党专权，拒不认错，加上内阁拟职以辩护为名暗指赵南星“是已非人，抑扬太过，致招訾议”，导致最后孙鑨罚俸、赵南星降三级。李世达等上疏挽救，却更贬斥赵南星为平民，上疏论救的王汝训、魏允贞、曾乾亨、于孔兼等一大批人受到牵连，孙鑨亦辞官归，到最后，这场轰轰烈烈的京察以失败告终。
赵南星被削籍为民，到天启年间被起复期间，他闲居乡间，名声更大，与邹元标、顾宪成为“三君子”。朝廷内外上疏推荐他的不下百十起，但最终没被起用，在此期间，赵南星创作了大量反应朝政和隐居生活的诗词，并始终关注朝政，写下了为数不少的忧国之诗。
明光宗即位，朝廷起用赵南星为太常少卿，辞不就职。明熹宗即位后，有意启用老臣，不久改任右通政，提拔为太常寺卿，赵南星均推辞不就，在明熹宗的再三催促下，赵南星以七旬高龄再度出仕，到任后又提升为工部右侍郎。数月之后，授官左都御史。
朝廷考核在京官员，赵南星把治理国家当作自己职责，因原给事中亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣在万历朝时结党营私、扰乱朝政，赵南星建议贬黜，而他们四个人分别是齐党、楚党领袖。吏科都给事中魏应嘉极力不同意。赵南星著《四凶论》，终于同考功郎程正已认定四人不合做官体统，其他考核汰除情形，完全跟他做考功郎中时相同。浙江巡按张素养举荐部内的人才，包括了姚宗文、邵辅忠、刘廷元，赵南星揭发他的错误，张素养被