惧推辞，乔说：“此国事也，何避”。崇祯帝即命其审理魏党案，乔允升据实审理，按七等定罪，毫无假借，人心为之大快。
皇太极率十几万精兵从喜峰口攻入关内，逼近京城，以在押囚犯刘仲金为首的狱囚一百七十人乘机打坏刑具，越狱逃跑，最后被抓获。皇帝震怒，五虎五彪之徒排挤下，诏令逮捕刑部尚书乔允升，准备问死罪，后经都御史易应昌等朝臣力救，又因年老多病被免除死刑，遣戍边卫，出都门，病发，卒于途，享年78岁。