明得到消息后却不敢怠慢，在浙江与福建沿海集结了大量水师，严阵以待。福建巡抚金学曾上疏认为，不若动用这些兵力去攻击日本本土，来迫使日本从朝鲜撤兵。他的这一条建议得到了明廷采纳，调童元镇来执行此事，但军队中缺少将才，金学曾开始着力搜求，沈有容就在其中。
沈有容欣然接受了聘请，但等到了福州府衙，却发现同聘者多老疾，与他们共事，能成大事？当下也不多言，将礼金原封不动的退还车太守，自行离去。金学曾得闻后，立即派了幕僚林守宇去追，在洪塘找到了正在等船的沈有容。沈有容见金学曾如此礼贤下士，便回到了福州，被授予海坛把总一职。
因为当时明朝对日本知之甚少，所以沈有容的第一个任务便是去日本侦察情况。金学曾派给沈有容一个叫刘思的助手，并从府库中拿出一千两白银，让他们扮成商人前去，沈有容却将钱财之事全交给了刘思打理，自己不取分毫。正准备行动之时，侨民许仪从日本偷渡回来，带来了丰臣秀吉死了的消息。金学曾即刻上疏，认为丰臣秀吉死后，日本又将陷入内乱，并说：“倘水陆交攻，歼此鲸鲵，或其时也。乞敕朝鲜经、督诸臣再加侦实，相机以彰天讨”此时，日军己开始撤退，又有露梁津大捷，明廷认为将倭寇赶下海的目的已经达到，不宜再行远征了。金学曾“用奇捣穴”的计划取消了，那么沈有容也不用去日本了，一千两的公款自然要归还，只是刘思竟已把大部分挥霍了，落了个抄家的下场，金学曾见沈有容对钱财毫不染指，越器重他了。沈有容自此便在福建安顿下来，在今后的二十余年中与其结下了不解之缘。
辽东巡抚顾养谦听闻沈有容冲锋破敌，发现这是个人才啊，马上移咨上司，将沈有容调到自己麾下。由于辽东见蓟镇使用火器守备甚佳，便也开始配备火器，因沈有容是使用火器的专业人才，于是便授予他全辽东镇的火器教练一职。
辽东的边患，比蓟镇更加严重，主要有土蛮、朵颜三卫与女真诸部。土蛮是蒙古的一支，而且名义上是元朝的正统。土蛮部长依克灰正纠集朵颜三卫中的泰宁部把兔儿等，共三万骑兵，欲赴辽阳，以武力逼迫朝廷增加岁赏，李成梁得知此情况后，决定用轻骑出塞的老招，杀敌人一个措手不及。于是，率领副将杨燮，参将李兴等轻骑出了镇边堡。
明军昼伏夜行二百余力，直达可可毋林，这次老天也心向明军，塞外刮起了大风，天际还不时传来隐隐雷声，扰乱了敌人的视听，使之无从觉察明军进军路线及战略意图。当帐外喊杀四起，即便发矢