处察访民情吏弊，惩治地方恶霸，在揭阳停留的半年内结识了陆粹明及其老师萧自麓等人，对其学术思想影响深远。
高攀龙在赴任七个月后以事假归家，不久遭遇亲人病故，于是不再出仕，此后在家乡讲学二十余年，虽有言官多次推荐，但皇帝并不理会。在漆湖之畔建造一座“水居”，取名“可楼”，作为自己读书静坐的场所，除刻苦钻研外，高攀龙还参与讲学，很快成为一代儒学宗师。当时，高攀龙与顾宪成志同道合，交谊颇深，在常州知府和无锡知县的支持下，高攀龙与顾宪成等人发起重建了东林书院，并每年举行“东林大会”。初由顾宪成主持，顾宪成去世后改由高攀龙主持，直至书院被拆毁为止，当时朝野内外的士大夫无论认不认识他们本人，提起高、顾都是一致称赞。
在讲学过程中以自己的政治理想和人格标准来评议朝政，裁量人物。当时，许多与他们志趣相近的在野士大夫闻风响附，纷至沓来，在朝的李三才、赵南星、邹元标、杨涟等正直官员也与他们互通声气，遥相应和。东林书院实际上已成为社会舆论的中心，反对派对此十分忌恨，诬之为“东林党”，污蔑他们是假借讲学以结党营私。
神宗去世，皇太子朱常洛即位，是为明光宗，明光宗在位一月驾崩，长子朱由校即位，是为熹宗。熹宗即位后，东林党人因拥戴有功而重新崛起，高攀龙被任命为光禄寺丞，又进封为光禄少卿。
关外重镇广宁失陷，明军被迫退缩到山海关一线，消息传来，朝野震惊，人心惶惶，高攀龙接连上书要求革新政治，以挽救国家濒危的命运。在《破格用人疏》中提出要破格用人，加强战守之备，并推荐礼部右侍郎孙承宗担任防御大臣，负责处理战事，他的意见得到皇帝首肯。孙承宗也不负众望，收复了广宁和辽河以西的土地，边境平静了四年之久。
高攀龙上疏追论三案（梃击案、红丸案、移宫案），要求惩治郑养性、李如桢、崔文升等人，奏疏上达，皇帝不悦而责备高攀龙多言，但最终仍将郑养性谴归原籍。当时，孙慎行以红丸案指责前任首辅方从哲，高攀龙也引《春秋》典故归罪方从哲，给事中王志道为方从哲辩解，被高攀龙上疏严厉斥责。不久，高攀龙被调任太常少卿，又上一道《恭陈圣明务学之要疏》，向熹宗阐明读书的重要性，方从哲一派故意摘出疏中指责帝王不孝的言辞激怒熹宗，熹宗欲严惩高攀龙，叶向高极力挽救，才得以罚俸一年而作罢。
高攀龙升任都察院左都御史，上《纠劾贪污御史疏》弹劾御史崔呈秀，疏中揭露