路兵马尚未到来，倭寇却有两万人的兵力，俞大猷寡不敌众，在金山被倭寇击败，总督张经让俞大猷出战，但俞大猷坚守按兵不动，等到永顺、保靖的援兵到来后，俞大猷才出战，于王江泾大败倭寇，但功劳却归于赵文华、胡宗宪，俞大猷因金山之败被降职。
然而柘林倭寇虽然败北，但新增援的倭寇乘战船三十余艘突袭青村所，与南沙、小乌口、浪港各处倭寇会合，进犯苏州陆泾坝，直逼娄门，京都督周于德迅速被击败。倭寇于是分兵两路，北路攻掠浒墅，南路攻掠横塘，倭寇驱兵深入，兵势蔓延到常熟、江阴、无锡等地，进退于太湖之中。俞大猷协助副使任环于陆泾坝大败倭寇，焚烧倭船三十多艘，倭寇向海外逃走，俞大猷又迅速在三丈浦进行阻击，击沉倭船七艘，而后俞大猷又与任环在莺脰湖击败倭寇，倭寇退走三板沙、嘉兴等地。
三板沙的倭寇抢夺当地居民的渔船打算逃跑，俞大猷率军前往追击，于马迹山将倭寇击败，俘虏倭寇首领。金泾、许清、白茅港的倭寇见势不妙，都乘船出海，俞大猷追击到荣山，焚毁五艘敌船。倭寇逃到马迹山、三板沙，官军又追上，破坏了三艘敌船。江阴蔡港倭寇也企图逃走，官军在马迹山、马图、宝山分别与敌作战。正值飓风掀起，海盗船沉没不少。柘林的倭寇亦遭官军攻击，击沉船只二十余艘，其余的倭寇退到岸上。稍后，又乘船向海外逃窜。俞大猷与佥事董邦政分路攻击，俘获敌船九艘。在大风的袭击下，敌人又损失战船三艘，剩下的三百人回头登岸，逃到华亭陶宅镇驻守，屡次击败赵文华所率大部官军，入夜倭寇屯驻周浦永定寺，官军四面合围。
柘林遭风暴袭击的九船倭寇屯集于川沙洼，并纠合其他失散倭寇船只共计四十余艘，兵势尚未止息。巡抚曹邦辅弹劾俞大猷放纵敌人，嘉靖帝恼怒，剥夺其世袭特权，并说他该当死罪，令俞大猷立功赎罪。由于官军对周浦倭寇围攻甚急，倭寇乘夜色掩护向东北逃窜，遭到游击曹克新的拦截，杀死敌人一百三十名，其余倭寇遂与川沙洼的倭人汇合。各路官军日夜攻击，川沙洼的倭寇烧掉营地乘船出海。俞大猷带副使王崇古入海追击，在老鹳嘴赶上敌人，焚毁倭寇大船八艘，杀伤无数。残余倭寇逃往上海浦东。
明朝廷特地任命都督刘远为浙江总兵官，兼职管辖苏、松诸郡，治理倭患，但刘远却毫无作为，在朝中大臣的争取下，俞大猷得以代替刘远为浙江总兵官。不久之后，俞大猷击败西庵、沈庄及清水洼一带的倭寇，明朝廷恢复俞大猷家世袭的特权。俞大猷大破徐海倭寇，浙西